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双序列全局比对算法例题
使用EMBL Pairwise Sequence Alignment进行
双序列比对
答:
Pairwise Sequence Alignment是EMBL上用于识别两个生物序列间可能存在的功能、结构或进化相似性区域的工具,具体网址为 ebi.ac.uk/Tools/psa/。进入页面后,Pairwise Sequence Alignment提供
全局序列比对
、局部序列比对和基因组序列比对三种比对方式。以下以全局序列比对为例进行介绍。点击页面中红色标注的超链接...
双序列比对
工具
答:
EMBI 的在线
双序列
比对工具提供了三种选项,1)
全局比对
;2)局部比对;3)全基因组比对。并且每一个比对工具下提供了不同
算法
的选择。这里我使用的uniprot 中的ABCB1 的两种亚型的数据。https://www.uniprot.org/uniprot/P08183#sequences 选择Needleman-Wunsch 算法的全局比对,先来试试看。这一步非...
详细介绍
双序列比对
、blast 以及多序列比对的区别,以及均适用于哪些场...
答:
双重
序列比对
:
双序列
比对是指对两条序列M和N进行比对,找到其相似性关系,这种寻找生物序列相似性关系的过程被称为双序列比对。其算法可以主要分成基于
全局比对
的Needleman-Wunsch算法和基于局部比对的Smith-Waterman局部
比对算法
多重序列比对:多序列比对是双序列比对推广,即把两个以上字符序列对齐,逐列比较其字符的异同,使...
信息工程在生物工程中的应用,具体点,300字左右…
答:
序列比对
的基本问题是比较两个或两个以上符号序列的相似性或不相似性.从生物学的初衷来看,这一问题包含了以下几个意义:从相互重叠的序列片断中重构DNA的完整序列.在各种试验条件下从探测数据(probe data)中决定物理和基因图存贮,遍历和比较数据库中的DNA序列比较两个或多个序列的相似性在数据库中搜索相关序列和子序...
什么是生物信息学?
答:
序列比对
考虑了DNA序列的生物学特性,如序列局部发生的插入,删除(前两种简称为indel)和替代,序列的目标函数获得序列之间突变集最小距离加权和或最大相似性和,对齐的方法包括
全局
对齐,局部对齐,代沟惩罚等.两个序列比对常采用动态规划
算法
,这种算法在序列长度较小时适用,然而对于海量基因序列(如人的DNA序列高达109bp),...
如何通过生物信息学分枝证明基因同源
答:
序列比对中最基础的是
双序列比对
,双序列比较又分为
全局序列
比较和局部序列比较,这两种比较均可用动态程序设计方法有效解决。在实际应用中,某些在生物学上有重要意义的相似性不是仅仅分析单条序列,只能通过将多个序列对比排列起来才能识别。比如当面对许多不同生物但蛋白质功能相似时,我们可能想知道序列的...
易基因|全基因组DNA甲基化测序分析全流程
答:
利用trim_galore软件对原始数据进行去除接头序列及低质量碱基等质控步骤。 (二)
序列比对
经过质控的reads需要根据与参考基因组的序列相似度比对到参考基因组上。相比于常规基因组及转录组测序,WGBS测序方法产生的数据的特点决定其在比对时存在三大困难: (1)DNA片段正链和负链经过重亚硫酸盐转化后将不再反向互补,再...
急求解答:蛋白质二级结构的预测的方法?
答:
该方法对数据库中同源
序列
的存在非常敏感,若数据库中有相似性大于30%的序列,则预测准确率可大大上升。 ⑤更为合理的方法:是将待预测二级结构的蛋白质U与多个同源序列进行多重
比对
,对于U的每个残基位置,其构象态由多个同源序列对应位置的构象态决定,或取出现次数最多的构象态,或对各种可能的构...
室内定位原理是什么?室内精确定位会被应用到哪些行业
答:
蓝牙定位:蓝牙定位基于RSSI(Received Signal Strength Indication,信号场强指示)定位原理。蓝牙室内技术是利用在室内安装的若干个蓝牙局域网接入点,把网络维持成基于多用户的基础网络连接模式,并保证蓝牙局域网接入点始终是这个微微网的主设备,然后通过测量信号强度获得用户的位置信息。根据定位端的不同,蓝牙...
什么时候需要利用生物信息学获取核酸
序列
信息
答:
什么时候需要利用生物信息学获取核酸序列信息 1.
序列比对
序列比对其意义是从核酸、氨基酸的层次来比较两个或两个以上符号序列的相似性或不相似性,进而推测其结构功能及进化上的联系。研究序列相似性的目的是通过相似的序列得到相似的结构或功能,也可以通过序列的相似性判别序列之间的同源性,推测序列之间的...
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