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生物信息学打分矩阵怎么算
...PAM
打分矩阵
——PAM打分矩阵原理与Dayhoff模型【
生物信息学
...
答:
以下是如何基于Dayhoff模型得到PAM
打分矩阵
的步骤:1. **统计概率**:研究71组进化高度相关的蛋白质,统计每种氨基酸在不同位置上发生突变的概率。2. **比对分析**:对同源序列进行比对,关注未发生突变的位点,以获得氨基酸突变
信息
。3. **
计算
频率**:统计每种氨基酸在肽链中的频率,用于计算相对突...
核酸
打分矩阵
哪种情况扣分最多
答:
核酸
打分矩阵
是一种用于
计算
核酸序列相似度的方法。在核酸序列比对的过程中,为了计算两个序列之间的相似度,需要先构建一个打分矩阵。矩阵中的每个元素表示两个碱基之间的替换分值或者插入/删除分值。一般来说,分值越高,则说明两个碱基之间的相似度越高。不同情况下核酸打分矩阵扣分情况 在
生物信息学
领域...
生物信息学
名词解释
答:
4.genbank序列格式:是GenBank数据库的基本信息单位,是最为广泛的
生物信息学
序列格式之一。该文件格式按域划分为4个部分:第一部分包含整个记录的信息(描述符);第二部分包含注释;第三部分是引文区,提供了这个记录的科学依据;第四部分是核苷酸序列本身,以“//”结尾。5.Entrez检索系统:是NCBI开发...
pam矩阵是核苷酸
打分矩阵
吗
答:
pam矩阵是核苷酸
打分矩阵
。根据相关资料显示,PAM矩阵是一种用于核苷酸序列比对的打分矩阵,被用来评估序列相似度的高低,是一种经典的
生物信息学
方法。
序列比对(一)
答:
使用有限状态机方法处理。
打分矩阵
的选择对序列比对结果至关重要,例如,PAM-n矩阵和BLOSUM-n矩阵分别适用于不同相似度序列之间的比对。以上内容总结了序列比对算法的核心思想、
计算
方法、复杂度分析以及打分矩阵的选择,是
生物信息学
领域的重要基础,对于理解蛋白质和DNA序列相似性分析具有重要意义。
生物信息学
中PAM250
矩阵
为什么是对称的
答:
因为其所应用到的实体,两条序列没有先后顺序关系,亦即可以相互互换位置,所以对应的
打分
阵也必然要是可以自由转置而不会产生变化,自然就是对称阵了。
详细介绍双序列比对、blast 以及多序列比对的区别,以及均适用于哪些场...
答:
该算法的基本思想是:使用迭代方法
计算
出两个序列的相似分值,存在一个得分
矩阵
M中,然后根据这个得分矩阵,通过动态规划的方法回溯找到最优的比对序列。与全局比对相比,这种算法的改变是把矩阵单元值为负者一律取为0,这是因为分值为负的比对丧失了比对的
生物学
意义,因此把得分为负值的子序列丢弃。BLAST: BLAST算法的...
急求解答:蛋白质二级结构的预测的方法?
答:
④同源分析法:将待预测的片段与数据库中已知二级结构的片段进行相似性比较,利用
打分矩阵计算
出相似性得分,根据相似性得分以及数据库中的构象态,构建出待预测片段的二级结构。该方法对数据库中同源序列的存在非常敏感,若数据库中有相似性大于30%的序列,则预测准确率可大大上升。 ⑤更为合理的方法...
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