33问答网
所有问题
当前搜索:
进化树上显示出的数据是自展值
生物信息学树状图的解读。
答:
这个数值是bootstrap,又称为自展值,是用来检验你所计算的进化树分支可信度的
。大致原理就是把序列的位点都重排,重排后的序列再用相同的办法构树,如果原来树的分枝在重排后构的树中也出现了,就给这个分枝打上一分,如果没出现就给0分,这样经过给定次数重排构树打分后,每个分枝就都得出分值,最终...
关于如何分析
进化树
答:
自展值
(Bootstrap): 刚才已经讲过关于自展值的评估方法。自展值可以
显示
可信度。一般低于50%的会隐去。那啥情况下会低于50%呢,两种情况,相似度太低或太高。一般来说,低自展值靠近分支末端,可能是由于相似度太高难以区分,这时建议可以换一个基因建树。如果低自展值靠近根,可能是由于相似度...
生物学里的bootstrapping是什么意思?
答:
进化树即自展值,是用来检验你所计算的进化树分支可信度的
。简单地讲就是把序列的位点都重排,重排后的序列再用相同的办法构树,如果原来树的分枝在重排后构的树中也出现了,就给这个分枝打上一分,如果没出现就给0分,这样经过你给定的repetitions次(至少1000次)重排构树打分后,每个分枝就都得出分...
一文读懂
进化树
(图文详解)
答:
对于
进化树
评估一般会使用 Bootstrap 进行检验。Bootstrap检验,自举法检验,也叫
自展
,自助法。其实就是放回式抽样统计法的一种,通过对
数据
集多次重复取样,构建多个进化树,用来检查给定树的分枝可信度。那么重复取样的次数会在建树时设置,现在一般文章要求Bootstrap 取样值 >1000。虽然根据严格的统计学...
微生物
进化树自展值
太低可以用吗
答:
不可用。如果低
自展值
更靠近根,代表相似度太低。自展值太低的话,也在一定程度上表示该
进化树是
不可用的。
群体结构——系统发育树的构建
答:
比如,上文提到了SNP
进化树
,我做的还仅仅只是相近物种,而且基因组很小(9M),SNP位点就有4万个,如果要用我MEGA这些软件调用我电脑8核的CPU,1000
自展值
可能要跑到毕业。生物学背景出身的我,抄着那一点可怜的计算机常识,在我们课题组购买服务器时,我做了非常多的功课。当然,主要还是听取公司...
群体选择信号分析
答:
●
进化树的
解读 1.枝长:枝长累积距离越近的样本差异越小 2.
自展值
:进化树分支可信度(蓝圈,百分比75%以上比较可信) 3.标尺:代表序列的差异程度 ●先预设群体由若干亚群(k=n)构成,通过模拟算法找出在k=n的情况下,最合理的样本分类方法。最后再根据每次模拟的最大似然值,找出最适用这群体的K值。 ●应用场景...
系统发育
树的进化
分支常数无法
显示
答:
对于
进化树
评估一般会使用 Bootstrap 进行检验。Bootstrap检验,自举法检验,也叫
自展
,自助法。其实就是放回式抽样统计法的一种,通过对
数据
集多次重复取样,构建多个进化树,用来检查给定树的分枝可信度。2. 重复取样值 那么重复取样的次数会在建树时设置,现在一般文章要求Bootstrap 取样值 >1000。3....
一起来爬聚类树!
答:
建树完成,一般需要用bootstrap(
自展
率)或者Posterior probability(后验概率)来评估 这种方法是最准确,但同时也最慢【貌似这是软件的通病,比如比对软件STAR也是如此】软件的官网在: https://nbisweden.github.io/MrBayes/download.html 提供了pdf的官方教程【后台回复“mb”获取】软件安装可以选择三大...
iTOL
进化树
调图细节记录
答:
strip的注释图例,需要自定义,如果有多重注释,注意看选择的是哪个
数据
集就对该数据集进行设置。最后同样的,图例位置可自由移动。材料过多时,我们常用无根树来展示,这时一般展示枝长。很简单,去标签,注释上色即可。直接拖拽注释文件上色。但是由于树枝太多密集,颜色
显示
不是很明显。需要做一点调整:将...
1
2
3
涓嬩竴椤
其他人还搜
进化树的图怎么做
测量数据怎么展图上
进化树怎么做
UPGMA进化树
itol进化树
进化树怎么看
怎么讲解进化树
人类进化树
动物进化树