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序列比对结果怎么看
分享6个蛋白
序列比对
分析的在线工具
答:
提供一系列专用于蛋白质、肽和抗体序列分析及比对的优质工具,针对分子生物学与生物信息学领域的研究至关重要。以下是这些工具的概述与应用:1. AlignmentViewer,一款直观易用的
序列比对结果
可视化工具,支持多样比对算法与格式。它对于快速识别序列相似性与差异,提供关键生物学分析依据。2. AbYsis,针对抗体...
怎么序列比对
。。
答:
看你要
怎么
比,和谁比了。一般ncbi的blast是最常用。登录参考资料里面的网址,根据需要进入需要
比对
的
序列
类型,然后把序列放进去就好了。nucleotide blast: Search a nucleotide database using a nucleotide query protein blast: Search protein database using a protein query blastx: Search protein ...
序列比对
需要一样长么?在使用mega4.0对比的时候,需要序列一样长么,如果...
答:
比对
的时候应该可以不一样长,在后面进行距离或系统树分析时gaps/missing data 一项可选择完全删除(complete deletion)或比对删除(pairwise deletion)。 引物
序列
因是自己设计的序列,应该删除。
ChIP-seq分析流程(基于linux系统)
答:
以及制作矩阵和作图,生成pdf热图以进行可视化分析。整个流程涉及多个软件工具,如trim_galore、bowtie2、gatk、bamCompare、awk、sort、bedtools、bamCoverage等,每一步骤都对数据质量控制、
序列比对
、重复序列去除、数据格式转换、统计分析、
结果
可视化等方面有重要影响。从数据准备到结果呈现,每一步都需细心...
生物信息学常见数据格式
答:
@SQ SN:contig1 LN:9401 (
序列
ID及长度) 参考序列名,这些参考序列决定了
比对结果
sort的顺序,SN是参考序列名;LN是参考序列长度;每个参考序列为一行。 例如:@SQ SN:NC_000067.6 LN:195471971 @RG ID:sample01 (样品基本信息) Read Group。1个sample的测序结果为1个Read Gro...
MegAlign,ClustalX和MUSCLE三种方法的
结果
是否存在差异
答:
MegAlign,ClustalX和MUSCLE三种方法的
结果
基本相似,差异不大。MegAlign,ClustalX和MUSCLE都属于多
序列比对
的方法,ClustalX用的是累进算法进行比对,MUSCLE用的是迭代方法进行比对运算, MegAlign是累进和迭带都可以用。累进算法将最接近的序列进行多条序列比对,形成一个初始对比,然后使用动态规划法逐步将...
NCBI在线设计引物完全教程
答:
设计出的引物,如图所示,包括整体
序列
信息和引物位置。红色标记的Tm值、GC含量和限制酶切位点应尽量小于4,以保证引物的稳定性。蓝色标记的外显子位置可以反映引物的特异性。此外,还需查看
比对结果
,了解引物与非特异性序列的匹配情况,评估客观特异性。在选择引物时,不仅要考虑主观质量,还要根据实验...
引物BLAST
比对
之后的
结果怎么
分析
答:
除载体等冗余
序列
用NCBIvecscreen功能: 中国至美.ncbi.nlm.nih.gov/VecScreen/VecScreen.html blast析:中国blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi自选择数据库进行
序列比对
名词解释
答:
序列
的解释 (1) [expound in sequence]∶依次论述 (2) [put in order]∶按 某种 档次排列 (3) [array;alignment]∶档次 同一序列 详细解释 (1).谓依次论述。 《史记·伯夷列传》 :“ 孔子 序列古之仁圣贤人,如 吴太伯 、 伯夷 之伦详矣。” 《史记·孟子荀卿列传》 :“﹝ 荀卿 ﹞於...
...为什么
比对结果
中出现要扩增基因的mRNA
序列
?
答:
一是能扩增出条带,但目标条带比你要的条带要大,因为你会连同内含子一同扩增出来,所以片段会偏大。二是什么都扩增不出来,这种情况一般是两种原因,1个是内含子片段太大,taq聚合酶没有延伸完,这种情况是很常见的,真核生物的基因组DNA编码
序列
中的内含子一般都很大。还有一种原因是你设计的引物...
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