宝鸡文理学院的地理科学与环境工程系提供了三个主要的专业方向供学生选择：
1. 地理科学专业：这个专业的学制为四年，毕业生将获得理学学士学位。主要目标是培养具备扎实地理科学理论和教学技能的专业师资，他们能在高等院校和中等学校进行教学工作，同时也为地理相关行业输送专业人才。
2. 环境工程专业：同样为四年制，毕业生将获得工学学士学位。这个专业旨在培养能在企业和事业单位从事环境治理的复合型人才，他们能在环境管理、监测以及环境科学领域进行设计、规划、开发和科研工作。
3. 资源环境与城乡规划专业：这个专业的学制同样为四年，毕业生将获得理学学士学位。主要目标是培养在城乡规划、环境规划、土地管理和信息产业等领域从事专业工作的人员，包括土地区域规划、信息系统设计、运营管理和科学研究。
系内挂靠的灾害监测与机理模拟陕西省重点实验室，专注于灾害监测、机理模拟和预报防治，其研究范围已扩展至环境灾害监测、放射性分析、地理信息系统与灾害评价等多个领域，取得了丰富的科研成果。
近年来，该系教师在资源开发、生态环境恢复与重建、综合减灾和区域经济发展等领域开展深入研究，形成了鲜明的学术特色。自然地理学更是被确立为学院和省级的重点学科。教师们积极进行科研与教学的结合，通过完成多项省级研究课题，推动了学科理论的发展和区域经济的建设。