1、办公室（规划财务处、法制处、新城工作处）
综合协调局机关政务工作；负责局机关文秘、档案、外事、保密、信息、督办及后勤服务工作；负责卫生信息化建设；负责局机关和直属单位综合治理、安全保卫和节能降耗工作；负责卫生行政复议工作；指导全市卫生系统开展依法行政、依法治理和普法教育工作；负责组织卫生执法稽查；负责统筹协调临城新区各项卫生工作。
拟订全市卫生事业发展规划，组织区域卫生规划的编制和实施；负责统筹规划与协调全市卫生资源配置；负责大型医用装备配置管理；负责市级卫生事业经费的安排、使用和管理；负责市属医疗卫生单位财务、基建、国有资产的监督管理和内部审计；负责市级重大卫生建设项目的立项和宏观管理，指导县（区）重大卫生建设项目；会同有关部门制定卫生经济政策和卫生财务管理制度并监督实施；参与制定和管理医疗卫生服务价格。
2、组织人事处
负责局直属机关党委日常工作；负责市卫生直属单位领导班子、领导干部和其他局管干部的考察考核、任免备案和培训与管理工作；负责统战、群团和系统精神文明建设工作，负责离退休人员的管理服务工作；组织制定全市卫生人才发展规划，牵头落实有关工作；负责局机关和直属单位的机构编制工作；负责卫生人力资源配置、考核奖惩，承担干部职工工资福利、职称评审、退休退职和人事档案管理等相关工作。
3、卫生监督与疾病预防控制处
研究制定卫生监督相关政策及工作标准、规范等；研究制定并组织实施全市卫生监督规划及计划；参与规划并指导全市卫生监督网络体系建设；负责卫生监督机构的综合管理和评估；指导全市卫生监督相关工作；组织实施医疗卫生依法执业监管、职业卫生、传染病防治、放射卫生、环境卫生（饮用水卫生、公共场所卫生、学校卫生）等综合卫生监督执法。
研究制定疾病预防控制和卫生应急相关政策及工作标准、规范等；研究制定并组织实施全市疾病预防控制和卫生应急工作规划及计划；参与规划并指导全市疾病预防控制和卫生应急网络体系建设；负责疾病预防控制和卫生应急相关机构的综合管理和评估；指导全市疾病预防控制和卫生应急工作；组织实施健康教育、疾病监测、传染病防治、地方病防治、慢性非传染性疾病防治、免疫规划等工作；负责市本级突发公共卫生事件和全市重大突发公共卫生事件的应急指挥、调查处置和总结评估等工作；负责制定卫生应急预案和有关规章制度；负责卫生应急业务培训和演练；负责用于预防传染病的生物制品供应、使用的日常管理和监督检查；负责市预防医学会等社团的联系工作；承担市公共卫生工作委员会办公室日常工作；研究制定并组织实施全市公共卫生工作规划及计划；组织协调、指导市公共卫生工作委员会成员单位开展公共卫生工作。
4、基层卫生与妇幼保健处
研究制定基层卫生与妇幼保健相关政策，制定基层卫生与妇幼保健工作标准、服务规范等；制定并组织实施社区卫生、农村卫生、妇幼卫生的发展规划和计划；参与规划并指导基层卫生服务体系与妇幼保健体系建设；负责城乡社区卫生服务机构、妇幼保健机构的综合管理与评估；参与制定妇女儿童发展规划；制定并组织实施有关妇幼保健与生殖健康、提高出生人口素质的计划与措施；依法对母婴保健专项技术和计划生育技术服务实施监督管理；会同人口和计划生育部门共同做好计划生育技术服务、生殖保健服务等工作；负责乡村医生业务指导与管理工作；负责市渔农村卫生协会、市社区卫生协会等社团的联系工作。
5、医政科教处（中医药管理处）
负责全市医疗机构设置规划、医疗体制改革、医院等级评审、医疗争议行政调解；负责医疗服务监管和技术准入；负责监管药品和医用耗材集中采购；负责无偿献血、临床用血管理；负责组织实施国家基本药物制度；负责征兵、招生等健康体检的管理；负责市医学会、市护理学会等社团和各医疗质控中心的联系工作；负责制定并实施全市中医药事业发展规划；负责各级各类中医（中西医结合）医疗、教育的业务指导监督工作；负责制定并实施医药卫生科研规划，促进医药科技成果的转化、应用和推广；组织实施重点医药卫生科技攻关项目和学科建设计划；组织开展在职医学教育；承担实验室生物安全的监督管理；承担市保健委员会办公室日常工作，负责全市干部保健工作的业务指导；负责来舟首长、贵宾的医疗保健工作，承担重要会议、重大活动的医疗保障协调工作。
6、市爱国卫生运动委员会办公室
贯彻实施爱国卫生工作有关法律、法规和规章，制定并实施全市爱国卫生工作规划、计划和标准规范；组织实施爱国卫生工作监督检查、考核评价，负责对各类创建工作的日常监督管理；组织协调、指导市爱卫会成员单位和全社会开展病媒生物防制、健康促进与教育、环境卫生治理和农村改水改厕等爱国卫生工作；组织爱国卫生工作交流合作和科学研究。
7、行政审批处
负责卫生行政许可项目、非行政许可审批和许可类工作事项的审核；指导县（区）卫生行政审批工作。
