镇江市中医院拥有多元化的科室，其中中西医结合消化科是江苏省的重点专科，专注于慢性胃病、消化性溃疡、慢性肠炎以及各种肝病的治疗。科室通过实施精中汇西战略，持续提升技术队伍的水平和设备设施，为患者提供高品质的医疗服务。
肿瘤综合治疗中心是该医院的亮点，率先推出综合治疗方案，包括局部与全身治疗、分期分类治疗、多学科协同等，利用先进设备如体内伽玛刀，结合微创手术、精确放疗等手段，为每位肿瘤患者制定个性化的治疗方案和全面的服务计划。
泌尿外科与男科结合传统中医与现代技术，擅长处理慢性前列腺炎、前列腺增生、尿路结石、不育与男性性功能障碍等问题，引进了先进的检查和手术设备，如膀胱镜、输尿管镜等，提供全面的诊疗服务。
肛肠科源于历史悠久的丁氏痔科，将中医与西医治疗手段相结合，与全国肛肠医疗中心合作，形成了一套独特的肛肠疾病治疗体系，处理内外痔、混合痔、肛裂和肛瘘等病症。
肾脏科作为特色专科，主要采用中医为主，中西医结合的方式治疗肾脏疾病，由学科带头人朱辟疆主任医师领导，他不仅是省级名中西医结合专家，还是肾脏专业领域的重要人物，为患者提供高水平的肾脏病治疗。
镇江市中医院1958年诞生于大西路同德里，1989年医院搬迁到青年广场开始了第二次创业，1996年中医院成为一所中医特色鲜明、中西医结合的二级甲等综合性中医院。随着镇江市卫生区域规划的调整，以及中医事业发展和人民群众对卫生健康的需求，2007年7月23日市中医院搬迁至桃花坞十区八号。2008年12月3日，镇江市中医院被江苏省中医药局确认为三级中医医院。