近现代因为《永乐大典》的散失，能够利用的只有区区400册，但仍然取得了较好的成绩。特别是民国间国立北平图书馆的赵万里在1928年到国立北平图书馆工作后，就开始了对《永乐大典》的辑录工作，辑录了《陈了翁年谱》，还以多年功力，从各种载籍中搜求逸佚，编纂成《校辑宋金元人词》73卷，其中采用《永乐大典》佚文颇多。赵万里和陈恩惠等人，在日据时期十分困难的条件下坚持辑录工作，他们发现《四库全书》中的若干种《永乐大典》辑本与现存《永乐大典》原本文字有出入，根据当时陈恩惠建议，把《永乐大典》辑佚工作列入工作计划中。陈恩惠具体负责核对《四库全书》。由赵万里将佚文确定后，雇请两位抄写人员进行抄写，辑佚工作进行了6年，辑出史部、子部、集部，特别是方志、文集等总数达213种。其中的《元一统志》、《析津志辑校》、《薛仁贵征辽事略》等后来都经过再辑得以出版。这时期的辑佚还有郭沫若的《大德南海志》、钱南扬的《永乐大典戏文三种校注》、栾贵明的《四库辑本别集拾遗》等。
《元一统志》
元代地理总志《元一统志》原书近800卷，记载元代地理疆域沿革、山川、湖泽、物产、土贡等，是研究元史的重要资料。赵万里从1944年开始，从《永乐大典》中辑出《元一统志》佚文，又从元至正刻本残帙辑出传录的《元一统志》2册，从常熟瞿氏藏抄本辑出传录的《元一统志》2册，从吴县袁廷梼家抄本《元一统志》辑出残帙1册。由于其他原因，《元一统志》的辑佚工作停滞了20年。1965年，赵万里辑出明《寰宇通志》、《明一统志》等书所引用《元一统志》资料，经反覆校勘，合为一体，该辑本终于在1966年由中华书局出版。
《析津志》
《析津志》是元末熊梦祥所撰、记述元大都的书，为现存最早记述北京地方史地的专著，其中可以得见元大都和金中都的官署、水道、仿巷、庙宇、风俗等。现时中国国家图书馆所辑《析津志》是在赵万里等先生辑佚的基础上，由善本部集体汇集整理，最后完成的。《析津志辑佚》的版本有四个来源：一是《永乐大典》原本；二是《日下旧闻考》所载；三是徐维则铸学斋所藏抄本，即所谓《宪台通记》中所载；四是北大图书馆所藏缪荃孙从《永乐大典》辑《顺天府志》残卷和来自孙殿起的本馆所藏明初辑抄《永乐大典》的《顺天府志》残卷。可以说是百年来许多人共同努力的结果。《析津志辑佚》一书后经首都博物馆赵其昌校订，1983年9月由北京古籍出版社出版。
《大典戏文三种校注》
钱南扬《永乐大典戏文三种校注》辑录《小孙屠》、《张协状元》、《宦门子弟错立身》三出戏曲。
戏曲在大典，“戏”字韵下为戏文（南词），“剧”字韵下为杂剧，十之六七没有传本。《四库》馆臣以戏曲鄙俗，未加辑录。大典收录“戏文”有33种、“杂剧”90种，较古的宋元南戏除《荆钗记》、《白兔记》、《拜月记》、《杀狗记》、《琵琶记》诸本外，明初尚存《破窑》、《跃鲤》、《金印》、《牧羊》等记，而《小孙屠》一本以北曲诸牌与南曲“风入松”合套，开南北合套风气之先。其他如《张协状元》、《宦门子弟错立身》等保持了许多失传古剧的资料，都十分生动。大典所存南戏残本，是南戏研究的重要资料。赵万里之外，谭正璧也较早关注过大典中的戏文，著有《永乐大典所收宋元戏文三十三种考》（话本与古剧），1979年，中华书局出版了钱南扬《永乐大典戏文三种校注》一书，引起了学术界的研究热潮，胡竹安、郝朴宁、赵日和等在对南戏体制的研究、三种戏文校补、沈等方面也做出了成绩。
