不会作废的，只要科目一考试合格以后，申请人在考试合格单上面签字以后，成绩就算有效的，成绩单不会作废的，补考费没有缴纳的可以在科目二科目三考试合格以后再统一先车管所缴纳补考费的。法律依据：《机动车驾驶证申领和使用规定》(公安部令第123号)是现有对于驾考较为权威的规范性法规。根据公安部123号令，第三十一条 车辆管理所对符合机动车驾驶证申请条件的，应当受理，并按照预约日期安排考试。考试顺序按照科目一、科目二、科目三依次进行，前一科目考试合格后，方准参加后一科目的考试。科目三道路驾驶技能考试合格后，方准参加安全文明驾驶常识考试。
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