一九七八年中共十一届三中全会后，落实宗教政策，开放重点寺院。是时慈舟法师已年逾花甲，又被宗教管理部门找回来，请他重回金山寺。老和尚重回寺院，恢复僧装，复现比丘相，仍任江天寺监院，负起修复金山的重任。为了重建大雄宝殿。他以古稀之年，仍奔波於北京、南京，及海外各地，筹措资金。从殿宇设计，到立柱土建，佛像制作，无不全心投入。江天寺从残破不堪中修复更新慈舟法师之功不可磨灭。
法师修复金山的辛劳，为各方所肯定，一九八四年晋任方丈。自唐代灵坦禅师为第一代开山祖师起，历代相传，慈舟法师是第八十一代方丈。一九九五年，慈舟法师为培僧材，在江天寺开办了一所「金山佛学院」。这是一所初级佛学院，学制为三年制，由慈舟法师亲自担任院长。副院长兼教务长为心澄法师，另有教师六位，首届招收学僧二十四人。佛学院的课程有∶印度佛教史、梵呗、佛学概论、古代汉语、中国通史、政治、书法等。该院实行学修一体化、学院丛林化。学院对学僧们严格管理，严格要求，每日早、中过堂。还要上殿坐香；适当参加水陆法会，进行实际锻炼。慈舟院长亲自讲授寺庙管理知识。每天常领学僧们过堂、上殿、坐香，还常於晚间在禅堂为学僧们讲开示。他还十分重视对学僧们进行政治思想和寺规庙纪的教育，抓得较严。金山佛学院第一届学生，已于一九九八年毕业，继续招收第二届学生。
慈舟法师晚年，还兼任著镇江句容宝华山隆昌寺的住持。他于创立金山佛学院之后，一九九八年，还在宝华山办了一所「宝华山律学院」，宝华山律学院也是一所初级佛学院，设在宝华山隆昌寺内。该院学制三年，院长由隆昌寺方丈、八十四岁的慈舟法师兼任，副院长为林祥与心平二位法师，教务长为智宇法师，学僧十五人，教师有八位。佛教专业课占百分七十，有∶戒律学纲要、沙弥律仪、三坛演仪、无量寿经、佛学概要；文化课占百分三十有∶古文观止、英语、法律常识、历史、书法。宝华山律学院首届招收了十五名学僧，以后逐步扩大规模。
一九八六年后，法师历任镇江市佛教协会会长、秘书长、镇江市政协常委、江苏省佛教协会常务理事、江苏省佛教协会名誉会长、中国佛教协会理事、中国佛教协会咨议委员会副主席、金山江天禅寺方丈、南京宝华山隆昌寺方丈等职务。
二○○三年二月十日凌晨三时三分，慈舟法师圆寂於江天禅寺楞伽丈室。法师俗腊八十九岁，僧腊七十六年，戒腊六十九夏
当代高僧慈舟大师
慈舟大师(1877—1958)，俗姓梁，出家后法名普海，字慈舟。他是湖北随县人，清光绪三年(1877年)生。他的父亲讳礼简，法名真法，母亲黄氏，法名寂智，都是虔诚的佛教徒。
慈舟出生于佛教家庭，所以他幼年除受传统教育、攻读儒书外，还随着父母礼佛诵经。他自幼颖悟过人，年始弱冠，补县学生员——中了秀才。以家境不裕，乃设塾授徒，从事地方教育工作，有10余年之久。于授读之余，研究佛经，时有出家之志，而以双亲老迈不克如愿。后来，他父亲逝世，他再求母亲允许他出家，得到他母亲的同意，乃在宣统二年(1910年)，投随县佛洹寺，依元照和尚剃度，是年34岁。他的妻子平时也随他礼佛诵经，于他出家同时，也投尼庵出家。
慈舟出家的当年冬天，到汉阳归元寺从大绘和尚受具足戒。之后在随县天齐寺静修读经。1913年夏，他到扬州长生寺亲近元藏老和尚，听老和尚讲《楞严经》。到了冬天，他到镇江焦山江天寺参禅，有所领悟。
1914年，慈舟考入月霞法师创办的华严大学正科班就读，随月霞法师专究华严教义。1916年毕业。
从华严大学毕业后，他行脚参访，朝礼普陀、九华等名山。1917年，他随侍月霞法师到湖北汉阳，月霞在归元寺讲《楞严经》，在武昌为居士讲《大乘起信论》，首开武汉讲经的风气，慈舟亦随众听讲。
1918年春，慈舟应河南信阳贤首山之请，到信阳开讲《大乘起信论》，这是他讲经弘法之始。讲经圆满，与慕西法师结伴朝礼五台山，归途道经北京。时，北京讲经会礼请谛闲法师讲《圆觉经》，慈舟、慕西二人亦随众听讲。1919年，回到武昌普度寺静修，次年在归元寺听德安法师讲《观经疏钞》。
1920年，早年从上海华严大学毕业的三位同学——了尘、戒尘和慈舟为了继承乃师遗教（月霞法师已于1917年冬季，在西湖玉泉寺圆寂），在汉口九华寺内创办了“华严大学”专弘华严教义。招收学生一班，到1923年春天学生毕业，学校亦即结束。这一所华严大学，由于学生中没有什么特殊的人才，所以对后来的影响不大，不过这对慈舟来说，即是他办僧教育的开始。
九华寺的华严大学结束后，慈舟受请担任汉口栖隐寺住持。是年夏天，他应杭州灵隐寺约请，到灵隐寺开办“明教学院”。尚未开学，因“江浙战争”的爆发而中止。他也由杭州到了上海，在云山寺讲《普贤菩萨行愿品》。讲经结束，到常熟虞山兴福寺，帮忙惠宗和尚办理“法界学院”。这是月霞法师在1917年创办的，月霞圆寂后，由应慈主持，后来由持松主持，常惺、蕙庭、现月等，都在学院任过教。慈舟到学院的时间，是1923年冬天，他在院授课的时间不到两年，1925年到河南开封讲《地藏经》，1926年到安徽当涂讲《般若经》。1928年应镇江竹林寺之请，主讲于竹林佛学院。年余之后，因病体不支，回到苏州灵岩山调养，病愈后，任灵岩山住持，开建“常年打七”念佛堂。
1930年，他应武汉佛教人士之请，到汉口佛教会、武昌佛教会各讲《大乘起信论》一部。
1931年春，又应武昌洪山宝通寺之请，讲《圆觉经》。是年冬，应虚云老和尚的邀请，到福建鼓山筹办“法界学院”。1933年，法界学院正式开学，慈舟在院内讲《华严经》，到1936年春讲经圆满，复在福州城内的法海寺，再办“法界学院”。是年在青岛兴建湛山寺的倓虚法师，邀请他到湛山寺讲演《比丘戒相》，他乃前往青岛，在湛江寺讲戒，并倡导结夏安居的古制，教风为之一振。
1936年冬，受请膺任北平净莲寺住持，他乃将在福州法海寺办的法界学院迁到北平净莲寺。
1937年2月，在学院开讲《华严经》，到1939年秋天始圆满。在这段时间内，他曾先后到北平的广济寺、拈花寺、居士林，以及天津、济南等处宣讲经论。1942年，于结夏安居时，为众宣讲《普贤菩萨行愿品》。1943年春，到天津佛教功德林讲《阿弥陀经》。
1947年，福建陈大莲居土请他前往讲经，他赴福建途中，道经上海，访兴慈、持松诸同学，驻锡普济寺。居半月，转赴福州，驻锡舍利院。由于福州的海潮寺、地藏庵等寺院住持的坚留，他随在福州停留下来。1948年春天，鼓山涌泉寺请他再恢复法界学院，而闽北的陈大莲居土又一再催请，他乃率着学僧数人赴闽北，到邵武县，住锡双泉寺，于此结夏，并为寺众及四方参学的人讲《四分律戒本》及《四谛要义》。结夏期满，赴陈大莲居士的家乡泰宁县。抵达县城，县民手持香华，迎之于城郊外，人潮长达二里，所过之处，鞭炮声不绝于耳，盛况空前。他乃于城内天王寺讲《普门品》，复至城南古台岩，在岩洞中讲《大乘起信论》。
1949年春，应香港佛教界之请，拟赴港讲经，乃离泰宁抵福州。因受战事影响不能到香港，即在舍利院为四众讲《梵网经》及《四分律要义》。1958年弥陀诞辰日，他在安养精舍舍报西归，世寿82岁，僧腊48年。
慧舟法师的毕生行愿，教弘贤首，律持四分，行宗净土，数十年南北弘化，泽被众生。他持律严谨，虽游方弘化途中亦不中辍。
他遗留的著作有《起信论述记》、《金刚经讲义》、《菩萨戒疏本疏》、《心经讲录及述意》、《阿弥陀经讲记》、《八大人觉经讲录》、《普贤行愿品闻记》、《开示录》等多种，后为人辑成《慈舟大师法汇》行世。
