说清朝继承了明朝，与说清朝奠定了我国今天的版图并不矛盾。
1、清朝的正统性继承自明朝
从清朝本身的角度来说，其自称入关灭李自成是为大明复仇，也正是由于这一宣传和清朝后代明朝降臣，导致明朝旧臣纷纷倒戈，这是清朝能够迅速统一天下的重要原因。
从明朝的角度来说，努尔哈赤也好，李自成也罢，最初都是大明臣子，二者本质上都是造反，只不过努尔哈赤并非汉人而已。
明亡清兴，清朝成为东亚华夷体系的核心，其正统性便源自明朝。
2、清朝的版图=明朝+蒙古三部
明朝极盛时期，曾占据东北（奴儿干都司），名义上领有西藏（乌思藏都司），但蒙古从未纳入明朝的统治，瓦剌和鞑靼也一直是明朝在北方的威胁。
明朝末年，蒙古分裂为三部：漠南蒙古、漠北蒙古、漠西蒙古。漠南即内蒙古；漠北即外蒙古；漠西则在今新疆和中亚，极盛时期同时领有西藏。而明朝则只剩下长城以内的华夏传统农耕区域。
清朝在入关之前首先击败了漠南蒙古的林丹汗，公元1635年，皇太极兼任蒙古大汗，从此开始了满蒙联盟的阶段。
公元1644年，清朝入关。
公元1662年，南明永历帝被杀，李定国、郑成功病逝，南明亡。
但清朝统一蒙古三部的战争才刚刚开始。
公元1691年，康熙帝在多伦与漠南、漠北蒙古会盟，从此漠北蒙古（喀尔喀蒙古）纳入清朝版图。
与此同时，漠西蒙古的准噶尔部崛起，意图一统蒙古，开始与清朝争夺蒙古的宗主权。
清朝与准噶尔汗国的战争一直持续到乾隆年间，公元1757年，乾隆灭准噶尔汗国，一统西域。
至此，蒙古三部全部纳入清朝版图。
所以，清朝的版图=明朝+蒙古三部，也就是后来满~蒙~回~藏~汉五大区域的统一，在明末，新疆和西藏都一度属于漠西蒙古。
这就是清朝奠定今天的版图之说的由来。
综上，清朝的正统性源自明朝，也就是今天所说的法理。而清朝的版图则等于明朝+蒙古三部，这一疆域确实奠定了今日中国的版图基础。