1999年1月1日北大科技园被国家科技部、教育部列为首批十五家国家大学科技园试点之一，确立了北大科技园作为中关村科技园核心园区的地位。
2000年9月1日北大科技园建设开发有限公司正式注册成立，注册资本3亿人民币，负责北大科技园的规划、建设、开发及经营。
2001年5月1日北大科技园被科技部、教育部正式授予“国家大学科技园”称号。
2002年9月5日北大科技园与中关村科技园区管委会正式签署了共建北大留学人员创业园协议，这是中关村管委会首次和大学合作共建大学创业园。
2003年1月14日北大科技园在北京成功举办“2003年世界华人创业投资辅导大会”。
2003年3月1日根据北京市政府现场办公会议精神，成府园区用地性质调整为北大科研教学用地，同时在海淀区上地置换25公顷土地作为北大科技园开发用地。
2003年12月1日北大科技园被批准成为“国家863计划成果产业化基地”，成为第一家被批准为国家863计划成果产业化基地的国家大学科技园。
2004年1月20日经北京市科学技术委员会审核，北大科技园下属北达燕园科技孵化器有限公司被批准为北京市高新技术产业孵化基地。
2004年3月5日北大科技园有限公司、北大学生就业指导服务中心联合成立了北大科技园孵化器学生创业中心,该中心也是北京大学团委主办的学生创业计划大赛的成果实践基地。
2004年7月21日北大留学人员创业园举办 “北大留学人员精品项目推介会”，北大科技园有限公司与中国民生银行总行营业部签署了“银企合作协议”，为北大科技园内企业提供创业资金，解决中小企业融资难的问题。
2004年11月6日——10日，在共青团中央、中国科协、教育部、全国学联主办的第四届“挑战杯”中国大学生创业计划大赛中，共有来自全国29个省市77所高校的100支团队参赛角逐，代表北京大学参赛的心安试剂创业团队荣获金奖。心安试剂创业团队在2003年第五届“北大科技园杯”创业计划大赛中获唯一金奖。
2006年9月25日，北大科技园创新中心工程结构封顶。北大科技园创新中心位于成府园区北侧，占地面积23270平方米，总建筑面积66000平米，绿化率40%，建筑高度18米，主要功能是为知名科技企业孵化空间和国际会议中心。
