兴宁区发展和改革局的组织架构由四个主要科室构成，分别是办公室、物价局、粮食局和固定资产投资科，各自承担着不同的职能。
办公室主要协助局领导处理日常事务，包括会议组织、文电处理、信息交流、档案管理、行政事务、后勤保障以及提案、议案、信访、卫生、保密和安全等工作。它负责制定机关规章制度和年度工作目标，并负责内部政治学习、业务培训、公务员管理和事业单位人事、纪检、监察等工作。同时，办公室还负责局内联络和党委、纪委的日常事务，以及处理局交办的其他事项。
物价局负责城区物价管理工作和价格监督检查，涵盖农业、工业、经贸等领域的经济发展规划、项目申报、审批等。他们负责城、镇、村总体规划和土地利用总体规划编制，产业类中央投资项目申报和计划落实，以及节能减排等工作。同时，物价局负责对外联络，对接南宁市物价局等相关部门。
粮食局负责城区粮食局日常事务和超兴粮油有限公司的管理。他们的工作包括粮食企业改革善后、年度经济指标分解、基础设施建设计划组织和城建类中央投资项目申报等。此外，他们还负责城镇建设发展规划和民生项目的审批、监管和竣工验收。
固定资产投资科是全局投资管理的核心部门，研究提出全区各行业发展战略和政策，监测分析社会发展和公用事业发展状况，编制中长期规划和年度计划。他们负责基本建设投资的综合管理，包括财政预算内和预算外资金的计划管理，以及社会事业和交通等行业的投资项目审批和全过程监督。
根据《中共南宁市兴宁区委、南宁市兴宁区人民政府关于南宁市兴宁区人民政府机构设置的通知》（南兴发〔2010〕2号），设立南宁市兴宁区发展和改革局，为城区人民政府工作部门。