武汉交通职业学院的校史可以追溯到20世纪，其根源在于具有深厚历史底蕴的武汉交通管理干部学院和国家级重点中专武汉水运工业学校。自1953年起，长航干训班在湖南城陵矶设立，奠定了学院的基础。1991年，武汉交通管理干部学院在湖北大学附近成立，由长江航运职工大学和武汉交通政治管理干部学院合并而来。2003年，经过湖北省人民政府批准，学院正式更名为武汉交通职业学院，并迁址至洪山区黄家湖大学城，开始了大规模的新校区建设。
在迁校过程中，学院获得了国家财政部和教育部的支持，先后在2008年和2009年分别获批建设“国家船舶工程技术实训基地”和“国家现代物流职业实训基地”。2011年，学院又获批建设“国家航海技术实训基地”，这进一步提升了学院的教育和实训设施水平。
2010年至2012年间，南校区进行了大规模的宿舍和食堂建设，新建了一栋3层学生食堂和七层学生宿舍，以及三栋七层宿舍，总面积达到45893.15平方米。2013年，学院庆祝了建校60周年的辉煌时刻，回顾过去，展望未来，学院的办学实力和影响力持续增强。
武汉交通职业学院是直属湖北省教育厅领导和管理的公办全日制普通高等学校，教育部人才培养工作水平评估优秀学校，湖北省示范性高等职业院校，湖北省最佳文明单位。