内蒙古农业大学有三个校区：呼和浩特市校区、职业技术学院校区和海流图科技园区。
1、呼和浩特市校区在呼和浩特市赛罕区(鄂尔多斯东街)。
2、职业技术学院校区在包头市萨拉齐镇110国道。
3、海流图科技园区在呼和浩特市昭乌达路306号。科技园区由东园区（位于校本部）和西园区（位于土左旗）组成。
截至2017年9月，学校设有动物科学学院、兽医学院、农学院、林学院、生态环境学院、机电工程学院、水利与土木建筑工程学院、材料科学与艺术设计学院、经济管理学院、食品科学与工程学院、计算机与信息工程学院、生命科学学院。
人文社会科学学院、外国语言学院、理学院、能源与交通工程学院、马克思主义学院、国际教育学院、继续教育学院、职业技术学院、体育教学部等22个院，其中内蒙古农业大学职业技术学院是全国高等职业教育示范院校建设单位。