中国科学院生态环境研究中心专注于多个关键领域的研究，致力于环境科学的进步。中心的研究领域涵盖了环境化学、环境工程学和系统生态学等多个学科，深入探讨环境影响和解决方案。
目前，中心设有7个颇具影响力的研究室：环境化学与生态毒理学国家重点实验室，专注于环境化学中的复杂问题；环境水质学国家重点实验室，专注于水质管理和净化技术；系统生态国家重点实验室，探索生态系统的动态平衡；土壤环境科学研究室，研究土壤健康与污染控制；水污染控制技术研究室，致力于解决水污染问题；大气化学与大气污染控制技术研究室，关注空气质量与治理；环境生物技术研究室，则致力于生物技术在环境保护中的应用。
此外，中心还配备了先进的文献信息中心和大型仪器实验室，配备了高精度的气相色谱-高分辨质谱设备，以及高效样品处理和净化设施，为科研工作提供强有力的技术支持。2004年，中心成立了“持久性有毒化学污染物（PTS）青年科学家小组”，推动了科研创新。环境技术楼的启用，为研究工作提供了现代化的设施条件。
与全球科技公司合作，如与安捷伦科技有限公司共建的“亚太地区北京环境分析实验室”以及美国戴安公司中国应用研究中心，也设在生态环境研究中心，进一步增强了中心的国际科研合作能力。中心还被农业部认证为农药登记残留试验的重要机构，对保障食品安全具有重要意义。
中国科学院生态环境研究中心（以下简称中心）始建于1975年，前身为中国科学院环境化学研究所。经国家科委和中国科学院批准，1986年与中国科学院生态学研究中心（筹）合并，改为现名。1996年5月，经中国科学院和国家环境保护总局协商决定，实行中国科学院和国家环境保护总局双重领导，在沿用中国科学院生态环境研究中心原名的同时，启用中国科学院、国家环境保护总局生态环境研究中心。