1、县级以上人民政府土地行政主管部门：负责对违反土地利用总体规划，擅自将农用地改为建设用地的行为进行处罚。根据规定，可以实施拆除非法建筑物和其他设施、恢复土地原状的行政处罚，并可处以罚款。
2、乡镇人民政府：在村庄规划区内，未依法取得乡村建设规划许可证或者未按照乡村建设规划许可证的规定进行建设的，由乡镇人民政府责令停止建设，限期改正;逾期不改正的，可以拆除。
3、自然资源主管部门：对于违反土地管理的相关规定，占用耕地建房等行为，由自然资源主管部门责令限期改正或者治理，并可并处罚款;构成犯罪的，依法追究刑事责任。
4、农业农村主管部门：在土地管理的相关规定中，农业农村主管部门也参与到违建的监管中，按照职责责令限期改正或者治理。
农村自建房违建的后果有哪些1、责令停止建设：如果自建房存在违法占地或违法建设情况，县级以上地方人民政府城乡规划主管部门会责令停止建设。
2、限期改正或补办相关手续：如果违建尚可采取改正措施消除对规划实施的影响，会限期改正并处建设工程造价百分之五以上百分之十以下的罚款。如果是因为制度衔接原因而导致手续不全，那么需要尽快补办相关手续。
3、退还土地：非法占用土地建住宅的，县级以上人民政府土地行政主管部门会责令退还非法占用的土地。
4、拆除：如果无法采取改正措施消除影响，会限期拆除。对于逾期未拆除的临时建筑，也会被拆除。不能拆除的，会没收实物或者违法收入，并处建设工程造价百分之十以下的罚款。
5、没收违法所得和罚款：对于已经建成的违建，可能会面临没收违法所得和罚款的处罚。