施琅将军在康熙年间提出平定台湾的建议，但遭遇反对。台湾部将洪旭试图陷害施琅，贿赂贝勒奈溚以破坏其声誉。施琅得知儿子被诬陷，决定闯刑场救朱霖，并在康熙面前揭露了奈溚的阴谋。康熙坚决反对台湾分裂，施琅主动请缨平定，主张和平归顺。李光地同情海葵，施琅意图结交。康熙决定武力征讨，强调台湾必须归顺。
第5集中，府邸拜访受嘲后，福兴酒楼中，阿鳗男装拜见李光地，对其学问和直言不讳表示赞赏。施琅赠送孤本《西京杂记》给李光地，李光地暗中协助解决危机。施琅提议跟随康熙巡海，涉及台湾局势。唐妃与董太妃冲突后，身份曝光。明珠和平谈判无果，吴启爵寻找台湾地图，与康熙讨论。阿鳗与吴启爵感情升温，吴接受上奏任务。康熙发现吴启爵的奏疏，认可其见解。阿鳗入宫引起惊讶，吴启爵获得赐婚。婚后吴悔过，决定支持阿鳗。康熙月夜探访吴府，吴启爵对现状不满，阿鳗内心痛苦。
施世骔计划假投降，海葵将此告知监国。姚云返回福建报告实情，姚启圣招降计划启动。康熙决定剿抚并用，任命施琅为福建水师提督，李光地多次推荐。施琅任福建水师提督令众人惊讶，姚云带来假降消息，施琅悲痛。在福建，施琅与姚启圣商议，海葵建议陪伴康熙。在紧张的会议上，施琅任提督的消息暴露，策略争议不断。
施琅面临审查，海葵陪伴，他计划乘南风攻取澎湖。刘国轩对施琅保持警惕，施琅在澎湖受阻后撤军。战后，董太妃与唐妃围绕矛盾，董提出解决方案。康熙处理弹劾，施琅誓师时斩杀怯懦者，最终在娘妈宫海域大胜。台湾内部矛盾加剧，刘国轩战败后，海葵回台湾，施琅强调国家利益。第31-36集，傅为霖遇害，姚启圣保护姚母，海葵救姚云，施琅归顺和攻打台湾，取得关键胜利，台湾内部分歧加深。
三十七集电视剧《施琅大将军》，是国家广电总局重大历史题材。该剧筹备拍摄历时两年，投资两千多万元，由福建电影制片厂摄制，将在中央电视台一套黄金档播出。