1999年，陈保善怀着一颗报国之心，放弃了国外优越的研究条件和生活待遇，回到广西大学任教，工作勤勤恳恳，处处为人师表。近年来，他在低毒病毒的分子生物学、植物病原真菌致病分子机理以及植物病害生物防治等研究领域均做出了杰出贡献，是国际上有重要影响的真菌病毒学家之一。他的主要成就包括:1.在世界上首次建立了真菌病毒的转染系统；2.评估、鉴定了首例施放到自然环境中用于植物病害生物防治的经遗传工程生防真菌；3.首次揭示低毒病毒对真菌毒力的调节是通过影响G-蛋白信号传导系统；4.建立了世界上第一个分子比较真菌病毒学系统。他先后主持国家自然科学基金重点项目、国家高技术计划项目、国家转基因植物研究及产业化专项和广西重大创新计划等课题，获得了包括番茄和辣椒在内的一批作物抗病毒新种质。 作为学科带头人，他积极创造条件，大力提携中青年教师在学术上成长。在他领导的分子遗传研究所内，倡导并推行学术研讨与合作制度，发扬学术民主，充分调动科研人员的自主性和创造性。目前研究所副高职称以上的教师人均至少主持1项国家级研究课题，全所三年累计承担国家级项目20项，省部级项目10项，在植物病原微生物功能基因组学、病毒与宿主相互作用、新型抗逆农作物种质创建等领域的研究已达到国际先进水平。 他负责广西大学“211工程”重点建设学科“生物技术与亚热带资源”学科的一期建设的总结，并主持二期建设的规划和实施。该学科于2001年获得了微生物学博士点授权，2002年获准招收博士后。 他十分重视教书育人。他主持了微生物学和生物化学与分子生物学两个学位点的博士、硕士研究生培养方案和生物技术本科生培养方案的修订，提出并率先在学科内试行细致的研究生中期综合考核制度以及毕业论文答辩后论文修改的具体程序。经过两年的实践，收到了很好的效果，已经为学校正式采用。他关心和爱护学生，在要求学生大胆创新的同时，注重通过自身严格遵守科学道德、实事求是的模范行为，对学生的科学观、人生观和品行进行熏陶。他每年为研究生讲授分子生物学、分子病毒学和微生物学前沿进展和专业英语共4门核心课程，给本科生做生命科学前沿进展讲座。他每个学期都对授课内容进行更新，力求把最新的知识传授给学生，同时注重培养学生主动和批判地吸收知识的能力。2000年以来，他共招收了博士生7名和硕士研究生17名，指导21名本科生的毕业论文研究。
