1992年5月，四个原乡——孔龙、花前、东洋和黄龙，通过整合成立了巨屿镇。
2002年，巨屿镇划分为四个办事处，包含如下行政村：稠泛、垟尾、正湾、石坦头、龙前、岭边、孔徐、金面盂、石光山、方前、刺瓜岩、岩步前、张山、潘山、徐龙、花竹岭、牛驮坪、穹口、项坑边、龙河、孔山、前山、柳一山、垟地边、葛岙底、垟西坑、东坑头、双凤、新光、新东、潘岙、双尖、赤砂，总计33个行政村，共159个村民小组。当时，全镇共有5750户，总人口为21585人。
2003年，巨屿镇的行政村结构进行了调整，合并为23个村落：黎明村由柳一山和龙河合并，葛洋村由葛岙底和洋西坑合并，黄龙村由新东、新光和双凤合并，正湾村由正湾、石坦头和岭边合并，三五新村由石光山、孔徐、岩步前和刺瓜岩合并，张平村由张山和牛驮坪合并。稠泛、洋尾等17个村保持原状。调整后，四个办事处管辖23个行政村和199个村民小组，总户数增至7191户，人口数为20944人。
到了2006年，巨屿镇的行政村数量为23个，包括黎明、葛岙洋、龙前、金面盂等，人口总数为2.15万人（数据截至2005年）。
巨屿镇是浙江省温州市文成县辖镇，位于县境南部，飞云江上游，距县城10.7公里。文泰公路穿境，飞云江纵贯境内。全镇总面积56平方千米，人口2.15万人（2005年）。该镇政府驻云江大道，下辖33个行政村。