1、1949年，南京大学边疆政治系并入北京大学，组建新的北京大学东方语言文学系。
2、1952年，南京大学师范学院独立，组建南京师范学院，1984年改名为南京师范大学。
3、1952年，南京大学农学院独立，组建南京农学院，1988年改名为南京农业大学。
4、1952年，南京大学农学院林学系独立，组建南京林学院，1985年改名为南京林业大学。
5、1952年，南京大学工学院水利系独立，组建华东水利学院，1985年改名为河海大学。
6、1952年，南京大学工学院航空系独立，在南京组建华东航空学院，后迁至西安改名西安航空学院，1957年并入组建西北工业大学。
7、1952年，南京大学医学院独立，在南京组建华东军区医学院，1954年迁至西安合组为第四军医大学。
8、1952年，南京大学哲学系迁至北京，合组新的北京大学哲学系。
9、1952年，南京大学体育系迁至上海，组建华东体育学院（1956年改名上海体育学院）。
10、1952年，南京大学政治系、法律系迁至上海，组建华东政法学院（后改名为华东政法大学）。
11、1952年，南京大学经济系迁至上海，合组新的复旦大学经济系。
12、1952年，南京大学农学院园艺系并入浙江农学院（后改名为浙江农业大学）。
13、 1952年，南京大学农学院园艺系果树组并入山东农学院（后改名为山东农业大学）。
14、南京大学工学院独立，组建南京工学院（1988年改名为东南大学）。后来，南京工学院有关院系又独立出去成为新的大学：
15、南京工学院无线电工程系三分之一师资于1956年西迁成都，同交通大学、华南工学院相关系科共同组建成都电讯工程学院（今电子科技大学）。
16、南京工学院化学工程系于1958年独立，成立南京化工学院（今南京工业大学主体）；
17、南京工学院食品工程系独立，迁往无锡，成立无锡轻工学院（今江南大学主体）。
18、南京工学院农业机械系于1960独立，迁往镇江，成立镇江农业机械学院（今江苏大学主体）。
19、1956年，南京大学心理系迁至北京，组建中国科学院心理研究所。
20、1960年，中国气象局和南京大学合作建立南京大学气象学院，1963年独立为南京气象学院，2004年改名为南京信息工程大学。