可以补办自建手续，政府一般不会强拆的
以浙江淳安县为例，该县《关于全县农村集体土地违法建筑认定处理的实施意见》中规定：
可以有偿使用并补办相关手续的情形
1、原拆原建或占用非耕地建房的，符合村庄规划且占地面积超批准面积50%以下（不含50%）的；
2、原拆原建或占用非耕地建房的，符合村庄规划且建筑面积超建筑标准面积80%以下（不含80%）的或建筑高度超准建高度6米（含6米，两层）以下的；
3、占用耕地异地新建，符合村庄规划且占地面积超批准面积30平方米以下（不含30平方米）的；
可以补办相关手续的情形
1、未批先建，属占用村庄宅基地拆旧建新且符合建房条件的，合法面积给予补办手续，超出部分按上述规定处理。
2、无房户、困难户、危房户等一户一宅而未批先建或批少建多的，合法面积给予补办手续，超出部分按上述规定处理。
上述情形之一的超面积违法建筑，由村民委员会与违法建筑当事人签订有偿使用协议并收回。
村民委员会对违法建筑当事人的房屋按村规民约规定以有偿使用的方式处理给当事人。
违法建筑当事人有偿获得房屋使用权后应在规定用途范围内使用，不得挪作他用，并按规定补办相关手续。
国家建设需要拆迁时，不作安置补偿依据。
违法建筑当事人不在规定期限内与村民委员会签订有偿使用协议并缴纳有偿使用费的，应在规定期限内自行拆除或恢复原状，也可委托代为拆除，逾期不拆除或不恢复原状的，由各乡镇政府组织强制拆除。
因此没有批建手续的宅基地房屋虽然不符合相关手续流程的规定，但也不是非拆不可，在处决农村违章建筑的实践工作中，政府还是会根据地方实际情况酌情给予处理。
参考资料
浙江政务服务网.浙江政务服务网[引用时间2018-1-11]
本回答被网友采纳不一定会强拆，对于没有批建手续的农村宅基地房屋，如果是在标准面积内建设的并且符合一户一宅等相关原则的，地方可能会给予相关补办手续政策，具体以地方的相关规定为准。
《中华人民共和国土地管理法》第62条明确规定
农村村民一户只能拥有一处宅基地，其宅基地的面积不得超过省、自治区、直辖市规定的标准。