HLA复合体，位于人类第6号染色体短臂上，长度约为4000千碱基对，由一系列紧密相连的基因构成，是人体基因系统中的复杂杰作。它主要分为三个区域：Ⅰ类基因区、Ⅱ类基因区和Ⅲ类基因区。
Ⅰ类基因区，以其标志性基因HLA-A、B、C的等位基因著称，编码A、B和C抗原等经典Ⅰ类分子。近年来，发现了一系列与Ⅰ类基因相似但功能未明的基因，如HLA-E、F、G、H、J、K、L，其中HLA-E、F、G编码非多态性Ⅰ类样抗原。HLA-H、J、K、L被认为是假基因。
Ⅱ类基因区极其复杂，主要由HLA-DP、DQ、DR亚区和DN、DO、DM等新亚区组成。其基因命名依据编码的肽链，如DRA、DRB1、DRB2。至少有7个编码α链和16个编码β链的基因，其中部分功能明确，部分功能未知，部分为假基因。这个区域与内源性抗原处理和递呈有关，包括LMP（蛋白酶体相关基因）和TAP（多肽转运体基因）。
Ⅲ类基因区至少有36个基因，其中C4B、C4A、C2、Bf、TNFA、TNFB和HSP70等与免疫系统相关，分别编码C4、C2、B因子、TNF-α、TNF-β和热休克蛋白70（HSP70）。HSP70主要在胞浆内参与蛋白质肽链的折叠和转位，也在MΦ细胞和B细胞的内体和膜表面，对于防止抗原降解并结合Ⅱ类分子有重要作用。
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主要组织相容性复合体(major histocompatibility complex，MHC)MHC是由一群紧密连锁的基因群组成，定位于动物或人某对染色体的特定区域，呈高度多态性。其编码的分子表达于不同细胞表面，参与抗原递呈，制约细胞间相互识别及诱导免疫应答。不同种类哺乳动物MHC及其编码产物的名称各异。小鼠的MHC称为H-2复合体。人类的MHC通常称为HLA基因或HLA复合体。其编码的分子表达于白细胞上，称为人类白细胞抗原(human leucocyte antigen，HLA)。为和基因区分常称为HLA分子或HLA抗原。