高要市司法局的内部机构设置包含多个部门，各司其职，确保司法行政工作的高效运行。
首先，办公室承担着全局工作的协调任务，制定并实施司法行政的中长期规划和年度计划。它负责起草、审核各类文件和报告，收集并分析司法信息，参与调查研究，并负责机关的外事交流、机要事务、文秘、信访、统计、档案、保密以及行政后勤管理工作。
其次，政工室主要负责司法行政系统的队伍建设、干部教育、思想政治工作和党务、精神文明建设等。它管理人事、工资福利、医疗保险，负责机关离退休老干部的管理，参与专业资格评审和人员调动审批，并负责司法警察的评授、晋升工作，同时监督警容、警纪等警务规范。此外，政工室还负责司法系统的表彰奖励和工作人员的业务培训。
最后，基层股(同时挂有市矛盾纠纷排查调处领导小组办公室的牌子)，主要负责全市人民调解、基层司法所和法律服务工作者的指导工作。它处理法律服务工作者的执业证书管理和法律服务所执照的年审注册，协助安置刑满释放人员和解除劳教人员，积极参与社会治安综合治理，并负责本市矛盾纠纷的排查和调处工作。