四川省地方税务局根据其职责设有多个内设机构，这些机构分工明确，致力于税收政策的执行和管理工作。以下是主要的内设机构及其职责：
1. 办公室：负责机关的文电、会务、档案管理等工作，包括政务公开、信息公开、网站管理和财务行政事务。此外，还负责税收政策研究和税务社团指导。
2. 政策法规处（审计处）：负责税收规范文件的起草、审核和执行监督，进行税收政策调研，处理税务执法、行政复议和审计事务。
3. 流转税处：主要负责营业税和资源税的征收管理，解释和处理相关法规执行中的问题，以及涉税审批事项。
4. 所得税处：负责企业所得税和个人所得税的征收管理，同样处理法规执行中的问题和涉税审批。
5. 财产和行为税处：负责财产和行为税种的征收管理，解释并处理执行中的一般性问题。
6. 国际税务处：负责国际税收法规的执行和指导涉外企业税收征管，进行反避税调查和涉外税务审计。
7. 基金处：负责国家和地方基金、附加费的征收管理工作，解释和处理相关法律、法规问题。
8. 纳税服务处：负责纳税服务体系建设，提供辅导、咨询，处理投诉，指导税收信用建设和税法宣传。
9. 征管和科技发展处（行政审批处）：负责综合性征收管理，税收信息化建设，以及大型企业纳税服务和税源监控。
10. 收入规划核算处：负责税收收入规划和执行监督，税费款征缴管理，税收分析和重点税源监控。
11. 财务管理处：管理地税系统的经费、财务和固定资产，负责预算编制和经费领拨。
12. 人事处：负责干部人事管理和机构编制，制定人事管理制度并组织培训。
13. 离退休人员工作处：负责机关和全省地税系统离退休人员的管理工作。
机关党委负责党群工作和思想政治工作，其具体工作由省地税局党组按照省委规定设置。
1994年8月，四川省地方税务局正式组建，下辖21个市（州）局、185个县级局（含成都高新区、绵阳高新区、卧龙特区和绵阳科学城办事处）、1732个税务所，现有干部职工20723名。根据《中共四川省委 四川省人民政府关于印发〈四川省人民政府机构改革方案〉和〈关于四川省人民政府机构改革方案的实施意见〉的通知》（川委发〔2009〕24号），设立四川省地方税务局（简称省地税局），为省政府直属机构。