随着国民经济建设的迅猛发展，科学技术是第一生产力已成为共识。科教兴国的发展战略，给东南大学的发展创造了极好的机遇。根据学校的发展规划，为了抓住机遇，土木工程系的学科专业不断地进行了调整。
1989年底，将拥有五个专业的全校最大的土木工程系分设为土木工程系和交通运输工程系。土木工程系设有工业与民用建筑、建筑材料两个专业。
1992年，学校将土木工程系的建筑材料专业与机械系的金属材料专业合并组建成材料科学与工程系，同时，将经济管理学院的建筑管理工程专业并入土木工程系。至此，土木工程系有工业与民用建筑、建筑管理工程两个专业，并自1993年起按宽口径的建筑工程类专业招生和培养，设立了工业与民用建筑、建筑管理工程、房地产建设与经营三个专业方向。
1997年10月成立了土木工程学院，由建筑工程系、建设与房地产系、环境工程系、工程力学系和实验中心组成，设有建筑工程类、环境工程两个专业。随后增设了工程管理专业，1999年增设了工程力学专业，2002年设立了给水排水专业。有关专业设置、调整与发展的情况详见附表1。
自1989年大土木系分系以来，土木工程系发展成土木工程学院，虽然系、院的党政领导班子有所变化，但始终是一个团结的、敢于拼搏、乐于奉献的班子，而且都围绕着“上一流水平”这一总目标努力工作。
十二年来，土木工程系、土木工程学院全体教职员工，抓住了我国在世界上最大规模的基本建设和环境工程建设的极好机遇，继往开来，再创辉煌，迈入了有史以来最好的发展时期。
二十世纪九十年代初，在邓小平同志“发展是硬道理”的激励下，根据学校深化改革的指导思想，全体教职员工进行了大讨论，不断更新观念，找准目标，明确发展思路。
1990年明确提出以丁大钧教授、宋启根教授、吕志涛教授为核心，建立结构工程学术梯队，确立了以“现代建筑结构体系及其设计计算理论”的学科发展总方向。针对当时的实际情况，提出了“奋战三年，走出低谷”的口号。
1992年全系统一思想，树立争上一流水平的意识，明确了要以“主动适应经济建设主战场的需要，以任务带动学科建设”，“上一流水平的关键是师资队伍的建设，师资队伍建设必须突破和改革传统的模式，应该是教学、科研型人才，应寄希望于青年一代”。这些新观念，有力地推动并加快了创建一流队伍和一流学科的建设。
1992年底宣布走出了低谷的同时，确立了新一轮的总体目标——“建立激励机制，争创一流水平”。在激励措施中，将是否获得省部级、国家级基金及奖励作为晋升职称的必要条件。实践证明，这是争创一流水平的关键性举措。
1993年以后，各项工作都围绕着“上一流水平”展开。1994年-1995年，结合建筑工程专业的首批评估，提出“以评估为动力、上一流水平”，以评促建，有力地促进了师资队伍及学科的建设，提高了教学和科研水平。
1995年到土木工程学院成立之前，以211工程立项为契机，以学科建设为龙头，提出“抓住机遇，再上台阶”的目标。将工作重点放在争上杰出教授和院士，以联合求发展，争上重点学科、博士后流动站，瞄准一级学科形成新的学科增长点等方面。这一新的发展思路，全方位地调动了广大教职员工的积极性，使队伍和学科建设上一流水平落到了实处。
1997年土木工程学院成立时，明确提出了“奋战三年，上一流水平，与国际接轨”的目标，基本思路是“平稳过渡，协调发展，逐步加大改革力度，狠抓学科和队伍建设，以学科点和专业目录调整为契机，发挥学院的综合优势，以联合求发展，全力推进教学与科研上一流水平，并与国际接轨”。三年后，实现了国内一流水平，与国际接轨的目标。土木工程学院自豪地大步跨入了二十一世纪，迎接新的挑战。
