学校设有白求恩医学院、基础医学院、公共卫生学院、护理学院、药学院五个学院，并有四所附属医院，一个制药厂。设有医学信息中心、医学实验中心、电子计算机中心、视听教育中心和实验动物中心。卫生部笹川医学奖学金日语培训中心设在该校。 学校有14个博士点，42个硕士点，有基础医学和临床医学2个博士后流动站。2009年，全校教职员工6000余人，具有高级职称的科技人员900余人，其中博士生导师63人，硕士生导师268人。在校学生总数6000人左右，每年毕业1900人左右。学校本科教育设有临床医学（含七年制临床医学、七年制医学实验班、五年制本科）、放射医学（五年制）、预防医学（五年制）、口腔医学（七年制）、信息管理与信息系统学（五年制）、医事法学（七年制）、护理学（五年制）、生物工程（五年制）和药学（四年制）等11个本科专业。
截至2009年，学校有2个国家级重点学科（神经病学），1个部级重点实验室，17个吉林省重点学科（免疫学、病理学与病理生理学、内科学、临床诊断学、妇产科、学肿瘤学、口腔临床医学、卫生毒理学、微生物与生物化学、病原生物学、放射医学、儿科学、外科学、眼科学、急诊医学、流行病与卫生统计学、药物化学）4个卫生部批准的和15个吉林省批准的研究所，在免疫学、神经病学、放射生物学、地方病学、优生优育与围产医学等学科领域具有国内领先地位。自1978年以来，学校共取得科研成果473项，其中部委级以上成果奖237项，一批优秀科研成果达到了国内或国际先进水平。
学校的4所附属医学院，吉林大学白求恩医学院第一、二、三附属医院及吉林大学口腔医院目前共有床位3222张。学校实行院系合一的体制，其中第一、二、三临床学院已被评为全国三级甲等医院。一临床学院被评为全国“百佳医院”。
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