朱一新治学主张汉、宋兼并。认为学术“有义理之学，有经济之学，又考据之学，由辞章之学”。他的义理之学，主要见于《无邪堂答问》一书，考据之学成就亦著，《汉书管见》四卷就是代表作。考据古籍（朴学）的风气以清代乾隆、嘉庆朝最盛，后人所称的乾嘉学派就是考据学派。考据方法主要是训诂、校勘和资料的搜集整理。朱一新倾注多年心血 撰著定稿，刊行后为世人所重。这里摘引《汉书管见》的开头《高祖记》中两条，已见其一斑：（刘邦） 母媪（颜）师古注：媪，女老称也。皇甫谧等妄引《忏记》强为高祖父母名字，皆非正史所说，盖无取焉。《宋书·符瑞志》高帝父曰刘执嘉。执嘉之母梦赤乌若龙戏已而生执嘉，是为太上皇帝；母名含，始是为昭灵后。斯即小颜所讥皇甫谧等之说尔。为泗上亭长 《史记》作泗水。按：泗水是也。《水经注·泗水篇》小沛县治故城南土宅上东岸有泗水亭，汉祖为泗水亭长，即此。
朱一新所说的经济之学，即经世安邦、治国安民的学问。他在《无邪堂答问》中关于东北、西北边防的形势与对策就有这方面的精辟见解。19世纪70年代，俄罗斯侵略新疆，日本侵略台湾、吞并琉球。当权的左宗棠主张加强西北边塞防务，李鸿章则强调海防更为重要，引起“海防”与“塞防”的争论。光绪九年（1883），朱一新撰《海防策》，认为当时的急务为治水师、扼险要、储将才、精器械、兴团练、开饷源六项。每项皆提出较详细的精密规划。例如治水师，他提出沿海建为北洋，江浙、闽粤三军，每军配以铁甲兵轮等意见。
朱一新相信民众，认识民众的力量，主张依靠发动民众来巩固国防。同年八月廿二日上《请速定大计以耆危局疏》中，着重提出“兴团练”，其中说：无亨则编为保甲以防豪右之横行，有事则集为乡团以辅官军之不逮。遍地皆民，即遍地皆兵。其他如治理黄河、京师治水等关系国计民生的大事．朱一新著作中亦有所论及，可惜没有给他施展抱负的机会。
