新中国60年的文科研究机构发展，可以划分为三个重要的阶段：
第一阶段，自20世纪60年代初到“文化大革命”结束。在这个时期，由于国际环境的紧张，中央为了强化国际问题研究，设立了众多实体性研究机构，高校占据了很大比例。然而，这些机构在动荡的“文革”中几乎全部被毁。
第二阶段，从改革开放初期到20世纪90年代中期。根据1978年全国教育工作会议的决定，高校逐步恢复并重建了一批研究机构，积极投入到人文社会科学的研究中。据统计，到1991年，高校由上级主管批准设立的研究所达到了521个，其中国务院直属高校的研究所234个，地方省属高校的研究所287个。
第三阶段，自1999年重点研究基地启动建设以来，这一阶段持续至今。教育部在66所高校中设立了151个国家级重点研究基地，各地还建立了超过400个省级基地以及上千个校级研究基地。这个阶段的发展，是前两个阶段的延续与深化，科研机构之间的学术传承明显，至少30%的重点研究基地与前两阶段的机构有着学术上的联系。
尤其在第三阶段，与前两个阶段相比，显著的变化在于对计划经济特征科研体制的改革，引入了竞争机制，大大改变了科研机构过度依赖课题、人员僵化和效率低下的问题。可以说，前两个阶段的经验和教训为第三阶段的改革提供了宝贵的借鉴。
教育部人文社会科学重点研究基地（教育部主管）是指1999年以来教育部在全国66所高校相继设立的151个人文社科重点研究基地，广大哲学社会科学工作者按照“一流”和“唯一”基地建设标准，始终坚持以马克思主义为指导，把马克思主义基本原理同中国具体实际相结合，大力推进马克思主义理论创新，深化对中国特色社会主义的研究和探索，努力构建以中国化马克思主义为指导、具有中国特色、中国风格、中国气派的哲学社会科学体系和开创我国高校哲学社会科学新局面，超过50%的基地成为后来启动“985工程”国家哲学社会科学创新平台的核心和支撑。