巴本堡家族的历史可以追溯到9世纪初叶，当时家族的始祖珀波是格拉普菲尔德的伯爵。珀波的儿子亨利，以其在886年对抗入侵诺曼人的英勇表现而闻名，不幸的是，他在这场战斗中阵亡。他的另一个儿子珀波在880-892年担任马奇伯爵，后来因德意志加洛林王朝的国王阿努尔夫剥夺爵位而结束了其政治生涯。尽管巴本堡家族曾得到法兰克王国皇帝胖子查理三世的宠信，但国王阿努尔夫却对康拉丁家族表现出了偏爱。
巴本堡王朝的奠基者是亨利公爵的三个儿子，他们以在上美因建起的巴本堡城堡命名了自己的家族。然而，家族与康拉丁家族之间的矛盾因争夺中美因的土地而加剧。这场争执，在10世纪初叶德意志国王孩童路易统治时期达到了顶点，导致了巴本堡三兄弟中的两人被杀。唯一的幸存者布拉格的阿达尔伯特拒绝了国王的审判，结果在906年被斩首，从此巴本堡家族在法兰克尼亚的影响逐渐减弱。
然而，家族的影响力并未完全消失。976年，家族成员利奥波德一世被神圣罗马帝国皇帝奥托二世封为巴伐利亚东部边防区的藩侯，其封地后来演变为奥地利。利奥波德一世因忠于奥托二世，在976年巴伐利亚暴动期间获得爵位，通过侵占匈牙利土地大大扩展了自己的领地。他的儿子亨利一世在994年接任伯爵，延续了父亲的政策，之后是亨利的弟弟阿达尔伯特（1018年起任伯爵）和侄子恩斯特（1055年起任伯爵）。恩斯特因其对皇帝康拉德二世和亨利三世的忠诚而获得赏赐。
恩斯特的继承人利奥波德二世与神圣罗马帝国皇帝亨利四世发生争议，后者企图剥夺利奥波德的领地并剥夺他的儿子利奥波德三世的继承权，但均未成功。利奥波德三世在1096年接任伯爵，支持亨利四世之子亨利（即后来的亨利五世皇帝）反对自己的父亲，后来倒向亨利四世一边，并于1106年娶了亨利四世的女儿。他于1125年亨利五世死后拒绝了神圣罗马帝国的皇位。利奥波德三世因其对修道生活的热情而被称为“虔诚者”，1485年被教皇英诺森八世宣布为圣徒，并被看作是奥地利的主保圣人。
利奥波德三世的儿子奥托当上了弗莱辛的主教；他的长子利奥波德四世于1136年继承伯爵爵位，1139年又从德意志国王康拉德三世处获得巴伐利亚公国。利奥波德四世的弟弟亨利二世在1140年被封为普法尔茨伯爵，1141年继承了家族的奥地利爵位。在和骄傲的亨利的遗孀格特鲁德结婚后，亨利二世于1143年被授予巴伐利亚公爵的爵位，同时也放弃了普法尔茨伯爵的头衔。1147年，亨利二世参加十字军东征。他被神圣罗马帝国皇帝红胡子腓特烈一世收回了巴伐利亚公爵爵位，作为补偿，维也纳被升格为公国，亨利二世成为了历史上第一位奥地利公爵。
巴本堡家族的第二位奥地利公爵是亨利二世的儿子利奥波德五世，他参加了1182年和1190年的两次十字军东征。利奥波德五世在巴勒斯坦与英格兰国王理查一世发生激烈争吵，并在理查回国途中将之俘虏，随后将其交给神圣罗马帝国皇帝亨利六世。利奥波德五世通过兼并施蒂里亚大大扩张了巴本堡王朝的领地，他因此获得了施蒂里亚公爵的称号。1194年利奥波德五世死后，他的儿子腓特烈一世继承了奥地利领地和公爵称号，另一个儿子利奥波德六世继承了施蒂里亚。1198年腓特烈一世去世后，这两块领地被利奥波德六世再度统一。利奥波德六世被称为“辉煌的利奥波德”。
新公爵利奥波德六世致力于与埃及、巴勒斯坦和西班牙的穆斯林统治者作战，并使维也纳成为德意志的文化中心，吸引了很多吟游诗人。然而，他晚年时遭到了儿子腓特烈的背叛，并在前往安排神圣罗马帝国皇帝腓特烈二世和教皇格列高利九世的和谈的途中去世（1230年）。腓特烈二世继承了公爵爵位，他被称为“爱争吵的腓特烈”，因与匈牙利与波希米亚国王及皇帝本人发生争执，剥夺了自己母亲和姐妹们的财产，并受到臣民的痛恨。他在1236年被皇帝逐出奥地利，但因腓特烈二世皇帝遭到教皇绝罚而得以重返公国。
巴本堡王朝在1246年腓特烈二世公爵在一次战役中阵亡后绝嗣。今日的巴本堡城环绕着该家族世代相传的城堡而建。
巴本堡王朝是奥地利的公王朝。顾名思义，该王朝起家于法兰克尼亚（今德国巴伐利亚州北部）的巴本堡。在哈布斯堡王朝崛起之前，这个家族的成员在976—1248年间先后以藩侯和公爵的身份统治奥地利。