南昌市人民政府内设机构包括了多个部门和事业单位，以及一些省垂直管理和派出机构，共同履行着城市的各项职能。以下是详细的部门划分：
工作部门（42个）：
市政府办公厅（市政府应急管理办公室）
市发展和改革委员会
市工业和信息化委员会
市教育局
市科学技术局
市公安局
市监察局（与市纪委合署办公）
市法制办公室
市人民防空办公室
市金融工作办公室
市国有资产监督管理委员会
直属事业单位（6个）：
市公路管理局
市农业综合开发办公室
市住房公积金管理中心
市公共资源交易管理委员会办公室
江西科技师范学院
南昌市高等专科学校
省垂直管理机构（4个）：
市工商行政管理局
市国税局
市地税局
市质量监督管理局
派出机构（13个）：
高新技术产业开发区管委会
经济技术开发区管委会
市政府驻南京办事处
市政府驻珠海办事处