这两者是没有任何实质性区别的，只是有些需要进出口的产品需要有相关的产品手续，其中有一项包括知识产权，就是品牌的商标注册证书。
海关备案：是指要求海关对其知识产权实施保护的权利人，将其知识产权的法律状况、有关货物的情况、知识产权合法使用情况和侵权货物进出口情况以书面形式通知海关总署，以便海关在对进出口货物的监管过程中主动对有关知识产权实施保护。根据2003年12月修订的《知识产权海关保护条例》，知识产权备案不再是海关对知识产权实施保护的前提，未进行知识产权备案的权利人仍然有权向口岸海关申请扣留进出口的侵权货物。但是，事先是否进行知识产权备案，在实践中有很大的差异。
商标注册：是指通过商标局申请核准注册的，并下发核准注册证书的，受《商标法》保护。