关于日本人的起源，历来是众说纷纭。而且，日本对外宣称自己是单一民族所构成国家，事实上其国内还有琉球族、阿伊努族、朝鲜族等少数民族。不过，日本唯一承认的少数民族就只有2万多人的阿伊努族，把其他民族都划进了和族的范畴里。那么，日本人的祖先究竟来自哪里呢？
在1万年前左右，日本本土就已经有了土著居民，并形成了他们的“绳文文化”，这是日本自己记载的最早的文明时代。不过，绳文时代的日本人身材比和族人还要矮小，而且面部宽大。中国古代称日本的和族为倭人就是因为他们很矮，但绳文时代的日本土著居民其实更矮。
在经历了数千年的演变后，日本文明才进入历史上的“弥生时代”，这时期的日本列岛上已经出现了上百个小国，而同一时期的中国大约处于从战国后期到西晋时期（公元前3世纪至公元3世纪）这段时间，中间经历了、秦、两汉、三国。日本的史学家认为，弥生时代的日本岛上已经出现了新的人种，他们不同于绳文时代的土著矮人，身高更高。
据日本专家考证，弥生时代的新人种是来自于古代贝加尔湖附近、古代朝鲜（箕子朝鲜、卫氏朝鲜、三韩部）、古代中国（燕国、秦、汉、三国等时期）的跨海移民，他们与日本土著居民混和，并给日本列岛带来了先进的生产技术，为后来和族的产生奠定了基础。而且也是从弥生时代开始，日本人才学会了水稻种植，人口开始大量增加，各国的战争也变得频繁了起来（真正的村民械斗）。
在公元3世纪左右，日本列岛上的邪马台国曾经向三国之一的魏国进贡美女（《三国志·魏志·乌丸鲜卑东夷传》有记载）。后来，这个邪马台国被新兴的大和国消灭，从而产生了和族这个民族，这就是日本人的祖先。和族这个民族在日本历史上逐渐发展壮大，用了1千多年时间才统一了日本列岛，而现在认为最早统一日本的人是丰臣秀吉。