如果没有办理税务登记，税局可以以查税为由对你所在企业进行停业整顿。像你这种情况，可以去税局办理税务登记，但可能面临罚款。
所以建议你可以先注销营业执照，再进行营业执照申请，虽然麻烦点，但是从法律的角度来说，因为是有限责任公司，新注册的企业不再承担已注销企业的责任。
《中华人民共和国税收征收管理法》第六十条 纳税人有下列行为之一的，由税务机关责令限期改正，可以处二千元以下的罚款；情节严重的，处二千元以上一万元以下的罚款：
（一）未按照规定的期限申报办理税务登记、变更或者注销登记的；
（二）未按照规定设置、保管账簿或者保管记账凭证和有关资料的；
（三）未按照规定将财务、会计制度或者财务、会计处理办法和会计核算软件报送税务机关备查的；
（四）未按照规定将其全部银行账号向税务机关报告的；
（五）未按照规定安装、使用税控装置，或者损毁或者擅自改动税控装置的。
纳税人不办理税务登记的，由税务机关责令限期改正；逾期不改正的，经税务机关提请，由工商行政管理机关吊销其营业执照。
扩展资料
近日，昌平区首批64户已办理营业执照未办理税务登记的个体户营业执照被依法吊销。据悉，这是本市首次由税务部门提请工商部门，对个体户进行营业执照吊销。
为进一步夯实辖区经济户口基础，打造公平经营环境，今年7月份开始，工商昌平分局和区地税局、国税局联动，打响了经济户口虚户清理战，针对部分经营者只办理营业执照但不办理税务登记且不在注册地经营又未进行年报公示行为，共同进行打击。
工商昌平分局以水屯批发市场为试点，针对未进行年报公示、不在注册地址经营的市场主体进行筛选，最终筛选出132户相关主体，呈送给昌平区国税、地税两部门。税务部门比对出在132户经营主体中，有64户未办理税务登记信息。
在无法与64户取得联系的情况下，昌平区国税局、地税局分别依法制作并公告送达了《责令限期改正通知书》。公告期满后，64户纳税人均未按照责令限改要求申报办理税务登记。
据此，昌平区国税局、地税局正式向工商昌平分局提交了关于提请吊销64户已办理营业执照未办理税务登记个体户营业执照的请求。
工商昌平分局依法吊销了64户已办理营业执照未办理税务登记的个体户营业执照。目前，第二批300多户未进行年报公示、不在注册地址经营的市场主体名单已经送至昌平区国税局、地税局，按照首批吊销流程，三部门将逐步对全区的经营主体进行筛查。
参考资料:人民网▬个体户不办税务登记执照被吊销