在构建城市空间的过程中，建设工程规划许可证（即工规证），作为城市规划行政机构核发的重要法律文件，犹如建设项目的通行证，确保其设计和施工符合城市的蓝图和法规要求。
根据《中华人民共和国城乡规划法》第四十条的明确规定，无论是城市还是城镇，建设任何建筑物、构筑物、道路或管线，无论是企业还是个人，都必须向相应层级的城乡规划主管部门或指定的镇人民政府申请办理建设工程规划许可证。若违反这一规定，未获许可或未按许可施工，将面临强制停工或罚款的法律后果。
然而，对于租赁合同的法律效力，《最高人民法院关于审理城镇房屋租赁合同纠纷案件具体应用法律若干问题的解释》（2020年版）给出了关键指引。如果出租人未能提供建设工程规划许可证，与承租人签订的租赁合同会被认定为无效。但值得注意的是，如果在诉讼程序的早期阶段，出租人能够获取规划许可或经主管部门批准建设，合同可能恢复其法律效力。
具体到您的案例，学校商铺由于缺乏工规证，引发了法律纠纷。尽管您已经尽力寻找相关证据，但在自然资源部门和城市建设部门的资料中未能找到，这似乎表明您的对手方可能在法律上处于较为不利的位置。尽管司法解释已经给出了明确的界限，但是否能找到其他突破点，仍需进一步分析建设过程的合规性和可能存在的例外情况。
建议您寻求专业的法律咨询，可能需要审查建设过程中的所有审批文件和合规记录，寻找可能的疏漏或行政程序中的漏洞。同时，了解是否有在法律允许的补救期内申请规划许可的可能性，或者是否存在因为特殊教育性质而得到例外处理的政策。这需要结合具体法律法规和当地政策进行细致的法律论证，以寻求最有利的解决方案。