根据《指导意见》要求，引导基金应按照“政府引导、市场运作，科学决策、防范风险”的原则进行投资运作，其扶持对象主要是按照《创业投资企业管理暂行办法》规定程序备案的在中国境内设立的各类创业投资企业。引导基金本身不直接从事创业投资业务。中经未来产业研究中心认为，中国引导基金的主要运作模式有参股、跟进投资、风险补助、融资担保及投资保障等。
1、阶段参股
阶段参股是引导基金的主要运作模式，是指引导基金向创业投资企业进行股权投资，并在约定的期限内退出，主要支持发起设立新的创业投资企业。
在该模式下，引导基金按照创投母基金（FOFs）的方式运作，与创业投资机构合作成立子基金，然后子基金投向创业企业，在此过程中，引导基金不参与子基金的日常管理，仅仅充当出资占股角色。子基金中引导基金的认购比例一般不超过25%，且不能成为第一大股东。该运作方式能够通过发起设立创业投资基金引导民间资本投资初创期企业，从而起到政府资金的杠杆放大作用。
2、跟进投资
跟进投资是指对创业投资机构选定投资的初创期科技型中小企业，引导基金与创业投资机构共同投资。一般来说，创业投资机构在选定投资项目后或实际完成投资一年内，可以申请跟进投资。引导基金应按创业投资机构实际投资额50%以下的比例跟进投资，且每个项目投资额不超过300 万元人民币。引导基金跟进投资形成的股权委托共同投资的创业投资机构管理。
3、风险补助
风险补助是指引导基金对已投资于初创期科技型中小企业的创业投资机构予以一定的补助。《引导基金管理暂行办法》规定，引导基金按照最高不超过创业投资机构实际投资额的5%给予风险补助，补助金额最高不超过500 万人民币。风险补助资金主要用于弥补创业投资损失。
4、投资保障
投资保障是指创业投资机构将正在进行高新技术研发、有投资潜力的初创期科技型中小企业确定为“辅导企业”后，引导基金对“辅导企业”给予奖励。《引导基金管理暂行办法》规定，引导基金可以给予“辅导企业”投资前资助，资助金额最高不超过100 万元人民币，资助资金主要用于补助“辅导企业”高新技术研发的费用支出。
