创办
第一次鸦片战争后，广州，最早被西方列强恃船坚炮利打开的通商口岸之一，西方纷至沓来创办新式学校。1884年，美国基督教长老会牧师香便文向长老会倡议，在广州筹办一所高等学校。
选址曾引发一场争论：香便文主张选址广州，但学校实际的筹款者和创办人安德鲁·哈巴牧师却主张选址在华中或华北。因为选址迟迟未定，建校大纲上只有一个“中国基督教大学”的名字，而未确切指明办校地点。后来，一件事情改变了哈巴的想法。广州绅士陈子桥（陈少白之父）递交了一份请愿书，要求定址广州。请愿书指出科举制度所设科目的局限性，希望哈巴博士能在广州尽快建立一座理工学院。当时有400人在这份请愿书上签了名，其中有乡绅、学生、商人和其他人士，全部是非基督徒。这些人中包括10位翰林院、11名进士、100多名举人和秀才、100多名政府官员。哈巴看了请愿书非常高兴，说：“我从未听说在整个传教史上有这样的事情。”于是同意将校址定在广州。第二年，哈巴开始在美国募捐基金，设董事局。
1888年，按照美国式大学创办的岭南大学的前身——格致书院在沙基金利埠（现六二三路）开办了。哈巴担任管教，有学生十多名，学校以“本诸基督精神设施最高标准的教育”为办学理念。
由于身处战争年代，建校之初，岭大校址几经变迁：1898年迁至广州四牌楼（现解放中路），当时有学生17人，教员3人；1899年迁到花地萃华园；1900年，义和团事件发生，学校迁澳门，中文校名改为岭南学堂。1903年在距广州城东南十里的康乐村购得200多亩土地，搭上盖板屋当校舍，学生从十多人增至一百多人。1904年，将永久校址才设立在此。
1907年，创办人之一的美国牧师尹士嘉回国，转晏文士任监督，钟荣光任协理校务，又筹得120万元建造校舍，于是扩大班级。1912年再改为“岭南学校”。
开办之初，规模不大，还缺乏开设完整大学课程的条件，仅办大学预科四年和本科一、二年级，开设了英文、格致、理化、算术、地理、生物等西学课程，在教学中运用实验方法，体育课也成为学校教育的重要部分。清末，学校从规模、管理、教学，都堪称广东近代教育的楷模。民国初年，岭大开设了完整的大学课程，省长廖仲恺在财政困难的情况下，拨出30万元给岭大做开办费。1916年，开办文理科大学；1918年正式称为“岭南大学”；1920年，成立岭南农科大学，为岭南大学内分立的大学。在广东当时的高等院校中，其规模、师资、设备、教学等方面都处于领先地位。
国人主政
在20世纪20年代的全国性反对教会与收伊斯兰教育权运动中，广大岭南人以各种形式进行斗争。最终，纽约董事局终于派出特别考察团于1926年12月底抵穗，与以李应林为首的旧同学委员会9人代表组成的旧同学顾问部经过近一个月的协商，达成了如下方案：“在中国成立校董会，负责岭南大学的行政管理，包括负责筹措全部中国教职员工的工资，这一作法非比寻常，设在纽约的董事局改为岭南大学美国基金会，它将名义上仍拥有校园和建筑（农业用地除外），但根据上述条件把它们租给学校（租金后定为每年1万美元），基金会的主要职责是资助西方教职员，争取数量不变。”
由旧同学部选出以华人为主体的董事会，并由董事会决定聘请钟荣光担任校长，李应林担任第一任常务副校长。外国人在中国办理的学校，都只是委任中国人为校长，最高权力机构则一如其旧；由于岭南处于当时革命运动最蓬勃的广州，可以说这成为“独一无二”的结果。
1927年岭南大学收回国人办理后，学校不再以传教为目的，致力于实用学科设置，把教学科研与社会应用结合起来，为广东经济社会发展服务成为新的办学目标。办学成绩最突出的是农学，当时岭大和南京金陵大学的农业研究工作是中国高等学校中最出色的。如蚕桑学中，采用科学技术进行蚕种培育，把生产出来的免疫蚕种在珠江三角洲地区推广，并建立了10个蚕种推广站。农学院还引进日本、美国的新式缫丝设备和日本先进的缫丝技术，进行缫丝技术改良试验，试验成功后，学校把新式设备和技术向顺德、南海一带的丝厂推广。岭南大学从1928年始在农学院设植物病理学系，从事华南地区植物病研究工作，是广东最早进行植物病研究的机构。1932年，植物病理学系受广东省政府农林局委托，负责华南植物病防除研究工作。该系曾进行桔柑、水稻、甘蔗病防除的研究。农学院曾把夏威夷种木瓜引种在校园内，成为著名的“岭南木瓜”，并向社会推广，远近乡民争相栽植。
战火历经
七七事变后，烽火连天，举世震荡。岭南陷于瘫痪状态，加上经济困难，员工欠薪，汲汲难以维持。李应林入主岭南后，首先筹集资金，清发欠薪，解决经济困难，坚持继续在广州开课。1937年10月，岭南大学全体教职员发表《告全体同学书》：“我校于此种紧张严重局面下，仍一依政府公布时间上课，未膏一日辍，以迄于今……‘母校屹立，风波不摇。’平昔吾人之颂于校歌者，现既经呈见于事实，广州各大学之从事复课者，且群为我校之响应，此种现象，凡爱护岭南者，想必同引为深慰……总之，吾人认定本学年己展开我校校史，我国国史最严重的一页……同人于飞机声中，炸弹声中服务校内，当以此义互勉，兹更提出与同学诸君共勉……我校员生苟人人具此决心，不难可立转为最光荣之一页校史，一页国史……”
在敌机轰炸声中，岭南坚持在广州开课。1938年初，学校奉令开设战时乡村服务，凡文、商科学生必须修习，组织该校战时乡村服务团，团长由曾昭森教授担任，分成十几队，每周出发河南各乡办理战时服务工作。他们向群众宣传抗战，大大提高了抗战情绪。6月，学校还在香港举行新生入学试验，考生300余人，取录166名。
南迁香港
1938年10月，日军在大鹏湾登陆，警号传来，师生开始撤离。月底，校中各部主管人员及大部份学生聚集在香港，借用香港大学校舍于11月15日复课。其间，美基金会发来“大学停办”电文，李应林对此置若罔闻，并发表《苦难中的新生》演讲，表明即使赤手空拳，也要保持母校生命之存在。中国人主办岭南不屈不挠、蔑视困难、独立自主精神，为世人所感叹。
在香港，岭南一方面借港大课室上课，一方面计划内迁。是时，农学院院长古桂芬认为：广东沿海富庶地区经己沦陷，因此，发展大后方的农业生产有特别重要的意义，力主农学院迅即迁入内地，以促进内地农业生产，支援抗日战争。
1939年夏，学校决定古桂芬院长、林书洛助教、李振威先生北上韶关，得当时广东省主席李汉魂亲自介绍选址，采用当地最经济的办法，竹织批荡，松皮盖顶，建设了既有礼堂、课室、实验室、图书馆，又有男、女同学宿舍，单身教工宿舍，还开辟了实验农场。
在建设过程中，古院长由于任务繁重操劳过度，仍带病巡视工地，终因身体不支晕倒在工地，抢救无效，以身殉职。为实现他的促进内地农业生产，支援抗日战争的信念而献出生命。和古院长共事多年的李应林深为悲痛，挽曰：“噩耗乍传初未信，归魂犹望或生还。”钟荣光题曰：“生为农学，死为农学。既忠于校，尤忠于国……愿南大一家人，当今大时代中，毋忘此先知先觉。”抗战胜利后，岭南人把他的遗骨移葬康乐校园中，以昭示他爱国爱校精神。
身处香港的李校长预感前途多艰，为谋岭南大学退路，不仅派古桂芬去粤北坪石筹办农学院，还率领教职员多次经南雄、韶关至坪石，研究岭南大学撤返内地之策。
暂居韶关
1941年12月，香港沦陷，李应林也受到日军通缉。他偷渡九龙，经过日寇层层关卡盘查和封锁，历尽艰险，抵达粤北，又得美基金会“大学停办”的电文，随即赴重庆，向教育部提出借款复校，教育部答复：“改国立，全部教育经费教育部包起，不改国立，一文不借。”李应林既不听从美基金会的“关门”主张，也不接受教育部“省事省心”的办法，决心坚持独立自主，自力自造，开明开放的岭南精神。
一再受到侵略者严重打击，再次面临存亡绝续的紧要关头，李应林校长努力向社会各方筹募经费。返韶关后，得到第七战区司令长官余汉谋支持，把所部原训练场地韶关仙人庙大村48座大小草棚交岭南大学作复校校址，把房屋设备拨交岭南大学使用，拨枪数十枝供岭南大学成立自卫队，又从湖南调给岭南大学一批大米。于是岭南大学在此建起简易校舍，大学分科授课，附中同时开学。农学院在坪石，医学院在韶关，使岭南大学在日寇进攻的狂风暴雨中巍然挺立，维系了大批青年学生。
对于在大村的生活，曾任岭南分校校长的司徒卫这样写道：“学校驻韶办事处设青年会中，地址则向循道会借用者，斗室湫隘，案牍寡如，员生报到者摩肩擦肘，如沙丁鱼之在罐中，而校长则与二、三同工即于此数方尺间埋头工作。校长见余，不及寒暄，劈头先曰：‘兹有极侥趣味之工作，专候兄来，其为我开发大村校址如何？’应之曰：‘可。’……（在大村），此时唯一家具只一木水桶，既以之覆盖食物，其底则吾人之食桌也……乡人以痼于闭关自守之念，新客难得欢迎，始至时，举凡粮食、蔬菜、肉类，皆拒不见售，校去集市远，采购维艰矣！”
香港沦陷后，香港大学停办，流亡学生进入内地，远赴仙人庙到岭南大学借读。沈体兰校长主持的东吴大学，龚约翰校长、招观海教授主持的广州协和神学院也在仙人庙复办。此后三所院校鼎立，团结互助。1945年初，韶关陷敌前夕，岭南大学师生疏散至坪石、连县等地，经济陷入绝境。李应林即到梅州设立对外联络办事处，筹集经费接济，使岭南大学能一直坚持到日寇投降而没有解散。
重建校园
1945年8月，抗战胜利。李应林赴穗重建校园，恢复校务，各项工作逐步走上正轨，学校的规模和教育质量都达到新的高峰。把岭南大学建成一所立足华南面向全国的高水平大学，成为新的办学目标。学校聘请李廷安医生任岭南大学孙逸仙博士医院院长，聘原北京协和医学院著名的X光专家谢志光、内科专家陈国桢任教授。李廷安逝世后，谢志光继任医学院长兼附属博济医院院长，陈国桢兼博济医院内科主任。他们分别取代了原由美籍教授担任的职务，李应林一直采取提高中国人在校内地位的方针，这都是当初抬李压钟的美国人所始料不及的。
李校长还争取校董富国煤矿公司老板谭礼庭向大学献产，建立谭礼庭基金会，潮商郑馥如为改良潮州柑向大学捐赠学额。这一系列措施，都有助于减轻岭南大学对美基会的经济依赖。
1948年，李应林辞去岭南大学校长职务。1951年，他在香港，用岭南大学美国基金会以及燕京、金陵、沪江、圣约翰等13家教会大学在香港的存款，筹办了崇基大学，自任校长，安排了大量去港的岭南大学师生员工。
遗风留传
1953年，在全国院系调整中，岭南大学有关科系分别并入华南理工大学和其他高等院校。
1967年，一些广州岭南大学校友在香港筹办岭南学院；
1996年，香港岭南大学迁到屯门虎地永久校址；
1999年，升格成为岭南大学。岭南大学开办3类课程，涵盖人文学科、工商管理及社会科学，共有13个学系，此外亦开办7个硕士及博士课程。
