南宁市林业局的内设机构根据其职责划分如下:
(一) 办公室（行政审批办公室）: 负责机关的日常运转，包括文电处理、会议组织、机要事务、档案管理等。负责宣传、信息、安全、保密和接待工作，协调应急、维稳和信访事宜，指导生态文明和生态文化建设。负责部门预算编制和实施，提出林业资金安排建议，编制年度生产计划，管理监督市级林业资金，指导林业基金征收和财务会计工作，监管国有资产和行政事业收费，以及林业统计信息工作。负责行政审批相关工作。
(二) 政策法规科（山林纠纷调处办公室）: 主要负责林业政策研究和法规起草、修改和审核，协调全市林业行政执法和监督，处理林业行政复议和法律咨询事务。执行国家和自治区关于山林纠纷的法律、法规，监督执行林地权属争议法规，指导和监督全市纠纷调处，处理县（城区）际林木林地争议案件，以及仲裁林地承包合同纠纷。
(三) 营林科（首府绿化委员会办公室）: 负责种苗、造林和营林质量管理，指导各类公益林和商品林的培育，组织植树造林防治水土流失，监测石漠化、沙化土地，负责退耕还林、防沙治沙工作，监督国有林场建设和管理，指导外资造林项目实施，监督有害生物防治和检疫工作，参与应对气候变化和生物质能源基地建设。负责绿化法规起草和监督执行，指导义务植树和国土绿化活动。
(四) 林政资源管理科（市集体林权制度改革领导小组办公室）: 组织森林资源调查、监测和评价，制定可持续发展政策和技术规程，编制采伐限额和森林经营方案，监督森林保护和开发利用，管理林地林权，审核征用占用林地，指导林政稽查和乡镇林业工作，协调查处森林资源破坏案件，负责生态公益林管理和生态补偿制度建立。
(五) 野生动植物保护与自然保护区管理科: 指导野生动物救护繁育和栖息地恢复，监督野生动植物猎捕、经营利用等，管理保护区和湿地，监督野生动植物违法案件查处，负责生物多样性保护。
(六) 产业科: 制定林业产业发展规划，指导经济布局、资源配置和产业发展，管理林产品生产、加工和行业安全，指导花卉产业、森林公园和森林旅游，实施林产品认证，指导安全生产和农村能源管理。
(七) 森林防火科（市森林防火指挥部办公室）: 组织协调森林防火工作，制定防火制度，组织扑救森林火灾，调查火灾事故，指导森林消防队伍建设，协调边界防火联防。
(八) 人事科: 负责机关和单位的人事管理、机构编制、人才培养和党群工作，协助专业技术资格评审和职业技能鉴定，负责离退休人员工作。
机关党组织和纪检监察室分别负责党群工作和纪检监察工作。