深圳市水务发展专项资金项目的结算审计及绩效评价在项目完成后有着明确的流程。首先，根据第三十七条，项目完成验收后，30日内需将相关资料送至相应部门进行审计。
对于工程建设类项目，需提交的材料包括：批准的项目预算、招标文件、中标通知书等、工程结算书、工程量计算书、合同和协议、设计变更图纸、竣工图及验收证明等。而对于其他类项目，所需资料则包括批准的预算、工作大纲、项目招标文件（如适用）、合同、验收证明以及项目结算文件等。
第三十八条详细规定了工程建设类项目结算审计所需资料，包括项目预算、承诺书、竣工工程概况表、财务决算说明和表格、交付资产表、待摊投资明细、会计账簿、资金平衡表等，以及相关合同和服务类合同和未结算工程资料。
产权登记则遵循《深圳市政府投资项目管理条例》进行。第四十条说明，市水务主管部门会在每年5月份对已验收的项目进行绩效评价，并将报告提交给市财政主管部门。市财政部门会提出意见，可能进行再评价，并将结果用于预算管理和未来年度预算的制定。
绩效评价结果会公开，以供公众查阅，并依据财政部的《财政支出绩效评价管理暂行办法》执行。整个过程注重信息公开与绩效改进，以提升资金使用效率和项目管理质量。
为规范水务发展专项资金的使用和管理，建立健全专家评审、社会公示、科学决策和绩效评价等各项制度，根据《深圳市市级财政专项资金管理暂行办法》《深圳市水务发展专项资金管理暂行办法》，制定《深圳市水务发展专项资金管理暂行办法实施细则》。该《实施细则》于2012年1月20日由深圳市人民政府办公厅以深府办〔2012〕8号印发。《实施细则》分总则、预算编制、项目申报、项目预算编制、项目实施管理、结算审计及绩效评价、相关责任、附则8章44条，自发布之日起施行，有效期限5年。