三亚市海洋与渔业局的内设机构如下：
1. 办公室: 负责起草和审核综合性文件和报告，包括会议组织、秘书事务、信息综合等。负责文电处理、文书档案管理和机要保密，制定机关内部规章制度，负责日常行政管理工作，以及机构编制、人事管理和党群工作。财务管理方面，按照相关规定执行。
2. 海域和海岛管理科: 主管全市海域使用和海岛管理，制定海洋功能区划、海域使用规划等，审核海域使用项目，发放海域使用权证书，组织海域使用论证和无居民海岛保护。管理海洋设施建造、海底工程，参与海域勘界，负责海岸带和海岛资源登记。
3. 环境资源保护科: 负责海洋与渔业水域的环境保护，监测海洋环境，制定并监督实施保护规划，防治海洋污染，保护海洋生物多样性和生态环境，发布海洋环境状况信息。
4. 渔业科: 主导水产资源开发和渔业发展规划，监督捕捞、养殖业，组织渔业资源调查和渔场预报，实施捕捞强度控制，处理渔业执法和纠纷，管理养殖种苗，推广渔业先进技术，指导市场体系和流通。
5. 渔业安全生产监督管理科: 执行渔业安全生产法规，制定工作计划，指导和监督安全生产，负责渔民安全培训，实施渔业船舶水上安全检查，组织海上自救互救和搜救工作，监管渔港安全生产。
6. 行政审批办公室: 负责海洋与渔业行政审批项目的规定、审批程序，受理、审核和发证工作，提供政策法规咨询，对接市政务服务中心，处理接待咨询事务，完成其他交办任务。
根据《中共海南省委办公厅、海南省人民政府办公厅关于印发〈三亚市人民政府机构改革方案〉的通知》（琼办发〔2009〕40号），设置三亚市海洋与渔业局，为主管全市海洋经济、海洋事务和渔业行政工作的市政府工作部门。