蒙疆联合自治政府的政治机构包括多个重要职位，首脑是主席云端旺楚克（原乌兰察布盟长），后由副主席兼政务院长德穆楚克栋鲁普接任（原锡林郭勒盟长）。军事方面，蒙古军总司令为李守信，参议府议长为吴鹤龄。政务方面，政务院设有总务、财务、保安等多个部门，如总务部长陶克陶、财务部长吉尔嘎朗和保安部长特克希卜彦。此外，还有政务最高顾问宇山兵士和军事最高顾问高场损藏等重要顾问。
军事参谋长乌古廷，以及司法、民政、治安、交通等部门的部长也各司其职，如司法部长陶克陶、民政部长松津旺楚克等。最高法院和最高检察长分别为补英达赖和刘继广。总务部和财政部的次长分别为武内哲夫和大场辰五助，产业部次长为中西实雄，交通部部长为金永昌。
在地方行政方面，察南政厅、晋北政厅、巴彦塔拉盟、察哈尔盟、乌兰察布盟、伊克昭盟、锡林郭勒盟等地的长官也各有其人。如察南政厅长官陈玉铭和察哈尔盟盟长卓特巴扎布等。此外，还有蒙古联盟自治政府，由德穆楚克栋鲁普担任政务院长，负责五个盟的管辖。
1937年，晋北自治政府和察南自治政府分别在晋北和张家口地区成立，而蒙古联盟自治政府在归绥成立。11月，这些政府联合组成蒙疆联合委员会，并于1939年9月改组为“蒙古联合自治政府”，德穆楚克栋鲁普任主席，李守信、夏恭和于品卿为副主席。政府采用蒙古旗和成吉思汗年号进行行政管理。
1933年7月在日本侵略者的策动下，操纵成立的一个傀儡政权，别称蒙疆国、蒙古国，有模仿另一个日本的傀儡政权满洲国的迹象。各盟旗王在绥远百灵庙召开自治筹备会议，次年成立“蒙疆政府联合委员会”，在联合委员会下以张家口为中心，设立了“察南自治政府”。1939年联合委员会又与“蒙古自治政府”、“晋北自治政府”合并改组为“蒙疆联合自治政府”。有模仿另一个日本的傀儡政权满洲国的迹象。此政权的首脑是德王，首都在归化，使用成吉思汗纪年。虽然此政权声称实行蒙古民族主义，但事实上在日本设计的边界线内有80%人口是汉族。