主要区别是，意思不同、基本解释不同、引证解释不同，具体如下：
一、意思不同
1、贯串
意思指从头到尾穿过一个或一系列事物。
2、贯穿
意思指通达，贯通。
二、基本解释不同
1、贯串
①、从头到尾穿过一个或一系列事物。
②、融会贯通。
2、贯穿
①、贯串
②、穿过，连通。
三、引证解释不同
1、贯串
《事事关心》：“把上下联贯串起来看，它的意思更加明显，就是说一面要致力读书，一面要关心政治。”
2、贯穿
孙犁《秀露集·读》：“现实主义贯穿中外文学艺术历史，这既是规律，也是事实。”
参考资料来源：百度百科-贯串
参考资料来源：百度百科-贯穿