2004年在原林学系基础上成立了生态工程系。生态工程系现有教师25名，其中教授2名，副教授6名，讲师11名，具有硕士学位教师11名，在读研究生教师7名，“双师型”教师占60%以上，形成了以教授、副教授为专业带头人、结构合理的专业教师队伍。下设园林教研室、环艺设计教研室、林业教研室和植物生态教研室四个教研室，其中园林教研室在2007年被评为省级优秀教学团队。《园林植物育种技术》课程被评为省级精品课。
生态工程系有在校生人数760余名。自2002年以来，本系毕业生有35名分别升入东北林业大学、东北农业大学、齐齐哈尔大学、黑龙江八一农垦大学就读本科，毕业生多就业于哈尔滨及省内外园林绿化公司和林业等部门，主要从事园林绿化施工、园林规划设计、园林植物生产、林业生产技术与管理等岗位工作，2007年本系毕业生就业率达90%以上。由生态工程系学生创作的艺术作品在多次大赛中获奖，其中作品《银杏家园》在“第五届黑龙江省大学生冰雕艺术设计大赛”中荣获制作类“最佳表现奖”；作品《冰界精灵》在全国“第二届大学生冰雕艺术设计大赛”中荣获“最佳创意奖”；作品《2008北京》在太阳岛“第八届雪雕比赛”中获“纪念奖”。
资源环境系资源环境系现有教师19名，其中教授1名，副教授4名，讲师4名；具有硕士学位教师4名，在职攻读硕士学位教师5名；森工总局学科带头人3名，学院专业带头人4名，“双师型”教师9名。开办了资源环境与城市管理、环境监测与治理技术、环境监测与评价和自然保护区建设与管理4个专业，在校生人数484名，已培养毕业生226名。
为创建良好的实习实训环境，与哈工大市政环境工程学院、大庆东城区污水处理厂、哈市垃圾发电厂、哈市文昌污水处理厂、省环境监测中心、哈尔滨市环境监察支队等单位建立了合作伙伴关系。有环境分析、环境工程、环境信息、大气除尘实训室6个，仪器设备总价值180余万元。为学生更好地接触实践，提高职业技能提供了便利条件。
应用技术系应用技术系设有装饰艺术、建筑技术、机电技术、家具技术4个教研室。现有教职工40名，其中教授5名（含研究员1名），副教授11名（含高级工程师1名），骨干教师中有4名获得地市级学科带头人称号，学院专业带头人5名。2008年招收专业为室内设计技术、家具设计与制造、建筑工程技术、工程监理、应用电子技术、通信技术等。
应用技术系设有美术绘画、工程制图、室内设计、木质材料、装饰材料、装饰施工、涂饰涂装、建筑材料、建筑力学、工程测量、电工电子等校内实验实训室。此外在校外建有实习实训就业基地20余处。
应用技术系近年来科研成果显著：主持出版教材及教学参考书共17部，主持完成科研与教研课题5项，主持完成国家标准5项和林业行业标准2项，获得省及地市级自然科学技术和教育科学研究成果奖8项，在各类学术刊物上发表论文200多篇。生物技术系
生物技术系现有专任教师20名，其中副教授5名，讲师7名，高级职称教师占25%；硕士及在读硕士教师8名，“双师型”教师7名，具有中药执业药师资格教师2名，食品营养师资格教师5名。现开设了中药（鉴定与营销方向）、食品营养与检测和中药制药技术3个专业，并同时面向全国招生。
生物技术系目前拥有药用植物实验室、中药鉴定实验室、药剂实验室、中药炮制实验室、中药标本馆、食品营养与检测实验室、食品工艺实验室、食品微生物实验室等，仪器设备价值60余万元，能够满足各专业的教学需求，结合专业技术课教学，90%以上学生可获得相应专业职业技能证书。此外，已与黑龙江林业科学研究院平山实验林场、黑龙江农业科学研究院园艺分院、哈药集团三精制药股份有限公司、哈药集团世一堂制药股份有限公司、珍宝岛制药股份有限公司、葵花制药股份有限公司、哈尔滨三木制药股份有限公司等单位建立协作关系，为学生提供实习、实训场所。生态经济系
生态经济系是黑龙江生态工程职业学院经管类教学部门。设有旅游、商贸、财经、管理4个教研室。现有专任教师25名，其中教授1名，副教授11名，讲师2名，“双师型”教师10名，专任教师中获得硕士学位及在读硕士学位教师10名，形成了以教授、副教授为专业带头人、以“双师型”教师为实践性教学骨干、结构合理、素质优良的专业教师梯队。
本系建有一流的财会电算化实训室、会展与营销综合实训室、宾馆酒店综合实训室（分餐饮、客房两部分）、物业管理实训室、形体礼仪实训室。为加强校外实践教学，与省内外10家相关单位建立了实习实训关系，为学生的实习实训与就业工作提供了可靠的保证。建系以来，已培养各级各类人才4000余名，出版著作26部，发表论文100余篇，完成地市级以上教学科研课题25项。
计算机技术系
计算机技术系现有教师18名，其中教授2名，副教授6名。教师都具有双师素质，专业水平高，实践能力强。本系教师年富力强，精力充沛；刻苦钻研，勇于奉献；品德高尚，爱岗敬业；教书育人，为人师表；教学能力强，教学质量好，深受学生的欢迎和爱戴。本系教学设备充足，教学设施完备，教学技术手段先进。现拥有6个现代化的微机室，1个网络实训室、1个软件开发实训室、1个多媒体技术实训室、1个计算机组装与维修实训室。微机室和实训室都装有先进的多媒体网络教学系统，都连成局域网并可通过校园网高速访问因特网，为教学提供了先进的手段。微机室和实训室都进行了装修，安装了防静电地板和空调，为学生提供了舒适的学习环境。微机总量达400多台，绝大多数都是高配置的联想品牌机，能充分地满足教学和实训的需要。在校外与多家企事业单位合作，建立了多处实习实训基地，能满足学生实习实训的需要。本系在教学上注重学生实践能力的培养，强化实践教学，融教、学、做于一体，以使学生熟练掌握专业技能。强调教学与实际应用相结合，以使学生的知识和能力与实际工作岗位要求相接轨。由于教学理念新，教学实践充分，因此，本系培养出来的学生深受社会欢迎，就业率高，就业质量好。
