稽查处（正处级）主要履行稽查、报关单位、报关员的管理、企业分类管理职能。
内设机构：稽查科，企业管理科。
风险管理处（正处级）主要履行指导协调本关区的风险管理工作，组织实施本关区的风险分析监控工作职能。
内设：风险管理科，风析分析科。
监管通关处（正处级）主要履行监管、通关业务职能管理和加工贸易及保税业务职能管理。
内设机构：通关科，监管科，加贸科。
关税处（正处级）主要履行海关税收管理、减免税审批、商品价格审核及其数据管理。
内设机构：减免税科，税收征管科。
现场业务处（正处级）主要履行总关属地管理辖区内业务的具体执行（除黄花机场业务）。
内设机构：综合科，查验科，通关科，邮检科，加工贸易及保税备案核销科。
驻黄花机场办事处（正处级）主要履行黄花国际机场的货管和旅检业务的具体执行。
内设机构：通关科，查验科，旅检科。
岳阳海关（正处级）主要履行岳阳市辖区内海关业务的具体执行。
综合统计处（正处级）主要履行海关统计和执法评估职能。
内设机构：统计分析科，数据统计科。
衡阳海关（正处级） 主要履行衡阳、郴州、永州三市辖区内海关业务的具体执行。
常德海关（正处级）主要履行常德、张家界、湘西自治州三地市辖区内海关业务的具体执行。
株洲海关（正处级）主要履行株洲市辖区内海关业务的具体执行。
韶山海关（正处级） 主要履行湘潭、娄底、邵阳三市辖区内海关业务的具体执行。
驻张家界机场办事处（正科级） 主要履行荷花国际机场的旅检业务的具体执行。
技术处（正处级）主要履行科技工作的行政管理及技术开发保障职能。
内设机构：综合技术科，信息安全科，计算机科。
财务装备处（正处级）主要履行财务装备管理、罚没财务管理和部分后勤行政职能管理。
内设机构：综合科，经费科，关产科。
缉私局（副厅局级）主要履行打击走私的综合职能和执行。
内设机构：办公室，政治处，侦察处，法治处，情报处，查私处。
监察审计室（正处级）主要履行纪检、监察、督察、审计管理职能。
政工办（正处级）主要履行政治思想教育管理、党务、工青妇管理职能。
人事教育处（正处级）主要履行人事公共事务管理、教育培训和安全保卫管理职能。
内设机构：人事科，教育科，保卫科。
办公室（正处级）主要履行政务综合管理职能。
内设机构：法规室，秘书科，研究室，综合文档科。
审单处（正处级）主要履行审单作业的具体执行。
内设机构：审单中心，综合科。
驻郴州办事处(正处级)
