东南大学自动化学院包括东南大学自动控制系与自动化研究所。 东南大学自动控制系于1957年筹建,1962年正式挂牌,是国内最早设立自动化专业的院系之一,同时,还有教育部批准设立的自动化研究所,拥有控制科学与工程一级学科博士点,控制理论与控制工程国家重点学科,全国排名第五。2015年1月4号会议决定费树岷教授不再担任院长一职,新任院长为魏海坤教授。由东南大学自动化学院教授团队领衔完成的“多源干扰系统的建模、分析与控制理论研究”项目获得了2013年度国家自然科学奖二等奖,这也是东南大学首次获得国家自然科学奖二等奖。
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