1、办公室：承担局机关文电、会务、档案、保密、保卫、财务、考核、培训等项事务；负责办理局机关机构编制及其人员管理、工资福利工作；负责退休人员管理工作；承办协管县、区审计机关负责人的有关事项。
2、综合调研科：负责审计工作规划、审计项目计划的编制和报批工作；负责审计调研、信息、宣传工作；负责局审计质量检查委员会日常事务和项目后评估工作；负责业务相关的综合工作（含统计及统计分析）。
3、法规审理科：负责法制工作；负责审计项目计划的组织实施和审计质量控制工作；负责局规范性文件的审核工作等。
4、财政审计科：组织审计市本级预算执行和其他财政收支情况；组织审计县、区人民政府和其他实行独立财政管理区域的预算执行、决算和其他财政收支情况；审计党政、群团组织和事业单位的财政财务收支情况。审计地方金融机构的资产、负债、损益情况；组织审计国际组织和国外贷、援、赠款项目的财务收支。
5、固定资产投资审计科：组织审计市本级政府投资和以政府投资为主的建设项目预算执行、价款结算和决算。
6、经济社会审计科：组织审计市政府主管部门、县区人民政府管理和其他单位受市政府委托管理的社会保障基金、住房保障资金、社会捐赠资金；组织审计市政府主管部门、县区人民政府管理农业专项资金、资源和生态环境保护资金；审计市属国有企业、国有资产占控股地位或主导地位的国有企业资产、负债、损益情况。
7、经济责任审计局：组织开展经济责任审计工作；承担市经济责任审计领导小组办公室日常工作。
8、开发区审计分局：负责市属开发区、新区指挥部及辖区内国有、国有控股企业的财政财务收支、政府投资等经济活动行为的审计监督；完成市审计局统一组织的专项审计和审计调查；指导县、区审计机关对所属开发区、工业园区的审计工作；承办市审计局交办的其他事项。
9、计算机审计中心：负责全市审计信息化建设及其运行、维护、管理、运用、开发、推广工作；服务全市计算机审计工作。
10、企业审计科：审计地方金融机构的资产、负债、损益情况；组织审计国际组织和国外贷、援、赠款项目的财务收支；审计市属国有企业、国有资产占控股地位或主导地位的国有企业资产、负债、损益情况；开展相关专项审计调查。
11、监察室：负责并组织落实审计意见、建议和审计决定的执行；负责局机关的党风廉政和效能建设工作；受理举报、信访事宜；负责与纪检、监察、司法部门在查处大要案工作的联络和移送等工作；负责廉政教育和对违反廉政规定审计人员的调查处理工作。
