南京市白下区国家税务局设有多个内设机构，主要分为行政科室和税源管理科。其中，行政科室包括五个正科级部门：
办公室：负责日常政务处理，起草重要报告，进行工作调研并提供建议，督办重要事项，负责政务信息、秘书事务、税收科研、档案管理和会议组织等工作。此外，还负责税收宣传、办公自动化、年度考核、行政事务和后勤服务，以及财务、资产管理和安全保卫工作。
人事教育监察科：负责人事制度制定与执行，干部任免、编制管理、教育培训、党组织建设和纪律监察工作，包括党风廉政建设和违纪违法案件查处。
政策法规科：负责税政管理和税法事务，包括税种管理制度的实施、金税工程推广以及税务法制建设等。
收入核算科：负责税收计划管理、会计统计、税款征收监督和税源监控，进行综合纳税评估及税务登记管理工作。
纳税服务科：主要负责税源监控、纳税服务、户籍管理和各类涉税事项处理，包括新办税务登记、发票管理等。
税源管理科则根据征管需要分为六科，分别负责重点纳税评估、申报征收、防伪税控认证等工作，以及海关完税凭证处理等。