在卡罗拉双擎中，空调操作采用自动模式，风扇转速会根据温度设定<!--和环境条件智能调整。起初，暖气或冷气准备好后，风扇才会启动送风。若调整风扇转速或气流模式，自动模式指示灯会熄灭。空调控制旋钮位于顶部，将其旋至红色最大位置，可启用内循环，当水温上升后，会自动供应热风。
卡罗拉双擎空调系统的安全特性显著。首先，它配备有具备花粉过滤<!--和PM2.5过滤功能的空调系统，高配置车型还升级为双区自动空调，这种配置在同级别车型中较为罕见。更为高端的旗舰版车型，搭载了先进的空气净化系统，其中包含Nanoe纳米水离子技术。这个系统能够向空气中释放离子，有效杀灭细菌，从而显著提升车内空气质量，确保呼吸环境的健康与安全。