广元市利州区教育局设有多个内设机构，各自承担特定职责：
办公室（含信访办公室）负责机关日常行政事务，如文电处理、会务组织、保密、档案管理以及政务协调等工作。同时，它还负责教育信息宣传、督查督办、后勤管理、对外交流与合作，处理人大建议和政协提案，并承办部分行政审批事项和教育年鉴编纂工作。
教育股（语言文字工作委员会办公室）负责基础教育管理，包括中等职业教育规划、综合协调、体育、卫生与艺术教育等。该股室致力于推进教育均衡发展，参与教育体制综合改革，组织师资培训，并指导各类学校的教育教学改革和教材建设。
学校安全管理办公室负责执行安全法规，制定学校安全制度，组织处理重大安全事故，指导学校安全教育和疾病防控工作。
社会力量办学管理办公室负责社会力量办学的规划、登记、监管和招生广告审核，确保教育质量。
教育督导股（教育督导室）负责教育督导和评估，监督教育政策的执行，发布教育督导报告，推进法制建设和依法行政。
招生考试股（招生委员会和自学考试委员会办公室）执行国家教育招生考试政策，负责各类学校招生及高等教育自学考试管理工作。
财务股（学校后勤与产业管理股）负责教育发展规划，监督教育经费使用，指导学校后勤改革，负责教育局事业单位的预决算和资产管理。
人事股（含离退休人员管理办公室）负责教师队伍建设、人事管理、师资培训、机构编制和干部选拔等工作，同时关注教育系统党建工作和外籍教师管理。