医院对于医药分开的态度相对含蓄，认为无论是门诊药房托管还是转为零售药店，其初衷与药品零差价和收支两条线相同，目标是平抑药价，缓解看病难和贵的问题。
王锦霞则认为，门诊药房改药店不等同于零差价或收支两条线，她指出，后者是计划经济和管理与运营不分的延续，而药品零差价则是对医院卖药的支持，实质上回避了医药分开，对社会零售药店形成了不公平竞争环境。
药品零差价试点的数据显示，患者并非最大受益者，医保机构和公费医疗机构才是主要赢家。在药品主要来源的门诊药房和住院药房中，住院药房往往被忽视。尽管门诊药房的药费占比大，但住院药费可能更高，因为单次费用差异明显。
部分医院的中层干部和外科医生认为，门诊药房改制对他们的影响较小，因为很多患者习惯于医院开药后外出购药。然而，药品质量保证是关键，陈明强院长强调，医院需确保药品质量，并期待财政投入支持。
门诊药房作为医院的重要收入来源，改革后需妥善处理。新医改方案试图通过医药分开缓解看病贵，但药价虚高和处方问题等深层次问题难以解决，医药代表的不正当行为依然存在。要解决看病贵，必须从提高低收入者医疗购买力和改革医疗付费模式入手，而非单纯依赖公立医院的改革。
医药分开就是医治和用药分开，医只是医治，药不随医，降低医疗费用。改革以前，在中国的医疗体制中，患者在医院诊断和治疗之后，如果要使用药物治疗，就必须到医院的药房拿药，而改革之后，医院药房的收入成为医院正常经济运转的重要部分，因为经济利益驱动导致不合理用药的情况，所以，一些经济层面上的学者开出了治疗这些痼疾的“药方”。2012年12月1日，继友谊医院、朝阳医院两批试点之后，北京市同仁医院、天坛医院、积水潭医院三家公立医院起正式启动医药分开改革，取消15%药品加成、增收医事服务费。